かつては泥棒だったが、子どもが生まれてからまっとうになり、妻と息子の3匹で平穏な穴暮らしをしてきた、キツネのMr．FOX。だが、窮屈な穴ぐら生活を疑問に感じ、心機一転とばかりに丘の上の大木の家に引っ越す。実は丘の反対側には悪名高い人間の農場主3人が住んでいた。農場を見て野性の本能に目覚めたMr．FOXと動物仲間たちは、思わず農場から家畜を盗みだすように。怒った農場主たちはキツネ狩りを始める。

イギリスに住む９歳の少年ジェームズは両親をサイに襲われて亡くし、意地悪なふたりの叔母に引き取られていた。そんな彼の夢は、夢が叶う場所、ニューヨークへ行くこと。ある日、彼は見知らぬ老人から緑色に輝く不思議なものが入った袋をもらい、誤ってそれを桃の木の根元にこぼしてしまう。すると、みるみるうちに巨大な桃が育ち、それを一口かじったジェームズは桃の中へ。中には６匹の虫たちが待っていた。彼らと仲良くなったジェームズは、大きな桃に乗って、一路ニューヨークへと旅立つ。しかし彼らの行く手には思いがけないトラブルが待ち受けていた。