På den sidste dag i sit liv kæmper den legendariske instruktør med at færdiggøre et nyt projekt og overvejer sit eftermæle i denne film med mange lag af Orson Welles.
I 3 Generations spiller hun pigen Ray, der har indset, at hun er en dreng, fanget i en pigekrop. Ray ønsker at gennemgå en kønsskifteoperation, men det kræver, at hendes enlige mor Maggie får opsporet Rays biologiske far. Imens må Rays bedstemor Dolly kæmpe med at acceptere, at hendes barnebarn nu ikke vil være den søde, lille pige, hun blev født som.
En sorgramt kantor i en troskrise får sin verden vendt på hovedet, da hans musiklærer fra folkeskolen atter træder ind i hans liv som sin nye voksne Bat Mitzvah-elev. De to forladte sjæle udvikler en særlig forbindelse.