三島一八率いるGコーポレーションから、中国拳法の達人で女子高生のリン・シャオユウに、ある仕事の依頼がくる。京都の学校へ潜入し、神谷真という男を調べるミッションを受けたシャオユウだったがうまくいかず、そうこうするうちに真が何者かに誘拐されてしまう。シャオユウはさらに真を追おうとするが、三島財閥の陰謀に阻まれる。
幕末の京都。便りの途絶えた父を捜しに来た男装姿の少女・千鶴は、夜の路地裏で浪人に襲われ逃げる途中、人間とは思えぬ異形の者に遭遇。異形の者を一撃で倒し、窮地の千鶴を救ったのは新選組だった。新選組と一緒に父を捜すことになった千鶴は、やがて新選組の闇、自身の出自にまつわる秘密を知ることになり……。