新たにスパイダーマンを継承した高校生のマイルズは、愛する人と世界を同時に救えないという事実にあらがって両方とも守り抜くと誓い、仲間と対立する。

宇宙世紀0079、一年戦争の末期、地球連邦軍とジオン公国軍の戦いで、ジオン軍の攻撃を受けたサイド4のムーアが壊滅した。生き残ったムーアの市民で構成された地球連邦軍所属のムーア同胞団が、故郷サンダーボルト宙域の奪還を決意する一方で、ジオン軍はそれに対抗してリビング・デッド師団を展開する。ムーア同胞団のエースパイロットのイオ・フレミングと、リビング・デッド師団のエーススナイパーであるダリル・ローレンツは宿命の戦いに挑む。

紀元前480年、スパルタ王レオニダスの元にペルシア帝国からの使者が訪れ、スパルタに服従を要求した。レオニダスはこれを拒否し、使者を殺害した。 レオニダスはスパルタ全軍での迎撃を考えていたが、デルポイの神託によって非戦と決定されてしまった。王と言えども神託には従う義務があり、スパルタ評議会も非戦の方針を支持した。 このままではスパルタは戦わずしてペルシア帝国の支配下に入ってしまう。レオニダスは「散歩」と称して300名の親衛隊を率い、ペルシア王クセルクセス率いる100万のペルシア軍の迎撃に向かった。兵力差は圧倒的であったが、スパルタ軍は峻険な山と海に挟まれた狭い街道に布陣して、ペルシア軍が大軍の利を生かし切れないようにした。 ここに、壮絶な死闘となるテルモピュライの戦いが始まる。

両親を亡くし叔父のベンと叔母のメイの許で育てられたピーターは、ある日自分の父親が残したバッグに隠された資料をみつける。父について知りたいピーターは父の研究者仲間だったコナーズ博士に近づき博士の授業に参加する。しかし単独で行動し侵入した部屋で遺伝子の組みかえられたクモに刺され、博士の下で勉強している同級生のグウェンに追い出される。その帰りの電車の中でピーターは驚異的な力に目覚める。

1983年。文明が誕生する前から神として君臨していた、ミュータントの始祖でもあるアポカリプスが、突如として長い眠りから覚醒する。数千年ぶりに目にした人間とその文明が、誤った方向に進んでしまったと考えた彼は新しい秩序が必要だと判断。マグニートーなど、4人のミュータントを率いる。彼の存在と考えを知ったプロフェッサーXは、ミスティークらと共にその行動の阻止に挑む。

ミュータントとして生まれたローガンは、少年時代にその能力が覚醒し以来、人としての幸せを捨て、幾多の戦争に身を投じて生きてきた。ケイラという女性と出会い、初めて人間として生きる喜びを知るが、ローガンの兄ビクターの手によって彼女は殺されてしまう。兄を倒すため謎の巨大組織と取引したローガンは、最強の戦士となるべく、超金属アダマンチウムを全身の骨に移植する改造手術をうけ、ウルヴァリンという名の人間兵器に生まれ変わる。

移動サーカスのオートバイスタント芸人だった17歳のジョニー・ブレイズは、肺癌が全身に転移して死に瀕した父親を治すことを条件に、悪魔：メフィストと契約を結んだ。しかし父親は健康な体になった直後に事故死。悲嘆にくれるジョニーは、サーカスも恋人のロクサーヌも捨てて旅に出る。それから13年が過ぎ、不死身のバイクスタントとして名声を得ていたジョニーは、ケーブルテレビのレポーターとなったロクサーヌと再会する。

遺伝子工学者ブルース・バナーは、実験装置の事故で大量のガンマ線を浴びてしまう。命に別状はなかったが、以来、彼は何度も強い怒りに我を忘れそうになり、ついにその怒りがピークに達した時、彼は怪力を持つ巨人ハルクに変貌する。その後もブルースは何度もハルクに変身するが、我に返ると自分が引き起こした惨事に苦悩する。実は元をたどれば同じく遺伝子工学者だった彼の父デヴィッド・バナー博士の研究に端を発していた。

米コミックアーティスト、トッド・マクファーレン原作漫画の映画化。人間界と悪魔との狭間で孤独な闘いに挑む男の復讐劇を描く。原作の持つダークな世界観を大胆なSFXで映像化。CIAの特殊工作員アル・シモンズは、上司の裏切りにあい、任務中に惨殺される。やがて地獄に墜ちたシモンズは、最愛の妻に会いたい一心で闇の支配者マレボルギアとある契約を交わす。それは、地獄の軍団の指揮者となって人類を破滅させ、天界へ最終戦争を仕掛けるというものだった……。