ある日、若く優秀な脳外科医クックロウィッツ博士は、裕福な未亡人ビネーブル夫人の邸宅に招待され、ある脳手術を依頼される。患者は、夫人の息子セバスチャンの死を機に発病し、精神病院に入院中の姪キャザリン。夫人は、病院への寄付をちらつかせ、強引に手術を迫る。しかし、キャザリンを診た博士は、彼女に手術が必要とは思えなかった。夫人は、セバスチャンの死に関して、重大な謎を握っているキャザリンの記憶が蘇ることを恐れていたのだった・・・。

最愛の母が末期がんで余命を宣告され、ショックと不安を隠し切れない13歳の少年コナー。厳格な祖母とは反りが合わず、学校でもいじめられて孤立する彼は、ここ最近、毎夜悪夢にうなされていた。ある晩、不気味な大木の怪物が彼の前に現われ、「これから俺が3つの真実の物語を話そう。4つ目の真実の物語は、お前が話すんだ」と告げる。かくして、怪物とコナーの間で、摩訶不思議な物語が夜ごと繰り広げられることとなる。

町工場を経営する財産家・中島喜一は突然、原水爆とその放射能に対して強い恐怖を抱くようになり、地球上で唯一安全と思われる南米ブラジルへの親類縁者全員の移住を計画する。しかし、このあまりにも突拍子もない行動に対し、現実の生活が脅かされると感じた家族は喜一を準禁治産者として認めてもらうため裁判にかけるのだった。

悲しみに沈むアイルランドの少年キーガンと、スペインから来た少女のモヤ。2人はダンスに興じる魔法のシカたちに勇気をもらい、危険と試練を乗り越えてゆく。