2029年、二度の大戦を経て、電脳化・義体化技術の発展した世界。新たな可能性の一方で、ゴーストハックや犯罪の多様化といった問題にも悩まされていた。 そんな中、他人の電脳をハックし人形のように使う「人形使い」が入国し公安9課は調査に乗り出す。

人類の最期の砦「ザイオン」に残されたのは72時間。それを過ぎれば25万のセンチネルに襲われるだろう。しかしモーフィアスの信念は堅い。オラクルによればネオがこの戦争に終止符を打つ。一方のネオはヒントを得るためオラクルに会いに行く。

ソ連崩壊前、ソ連の化学兵器工場に006ことアレックと共に侵入したボンドだったが、責任者のウルモフ大佐によりアレックが拘束されてしまう。ボンドはやむなく彼を見捨て秘密工場を爆破し、任務を達成した。 それから9年後。20世紀も終わりに近く、ソ連は既に崩壊していた。ボンドはモナコでロシアの犯罪組織「ヤヌス」のメンバーであるゼニアをマークしていたが、彼女と将軍になっていたウルモフは、対電磁波装甲を施したNATOの最新鋭戦闘ヘリコプター・タイガーを、デモンストレーションを行っていたフリゲート艦上から奪取・逃走する。 その後ゼニアとウルモフは、ロシアの秘密宇宙基地に現れ、ソ連時代の秘密兵器「ゴールデンアイ」を起動させ、兵士と職員を皆殺しにする。女性コンピューター技術士のナターリアは、奇跡的に生き残り脱出した。 ボンドは「ゴールデンアイ」とヤヌスの関係の手掛かりを求めてサンクトペテルブルクへ行き、そこで9年前殺されたはずのアレックと再会して、意外な真実を知る。

昏睡状態のネオはマトリックスとソースの狭間に捕らえられていた。ネオを信じるトリニティーらは彼を救出する。一方スミスは新たな段階へと進む。その間もザイオンにはセンティネルが近づきつつあった。

マリーとアレックスは女友達同士。 勉強に専念するために、二人はアレックスの両親のいる田舎の一軒家に行く事にした。 それは周囲をトウモロコシ畑が取り囲む孤立した一軒家だった。 到着後アレックスの家族に挨拶したあと、自分にあてがわれた部屋にマリーはいた。 家の前にトラックがやってきて、車中から降り立った一人の男性が、ドアベルを鳴らし出した。

20世紀末、この世はコンピュータによる高度情報化時代の真っただ中。「広域Aランク犯罪者記号・P26号」、これこそが世界的な怪盗「ルパン三世」の全世界の警察に収蔵されている犯罪記録データの通称である。ある夜、パリ市警本部を訪れた銭形警部は、このデータをパリ市警職員の制止を振り切って、やや強引に借りていく。だが、エレベーターに乗り込んだ銭形を待っていたのは、もう1人の銭形だった。なんと、データを借りてきた銭形は銭形警部に変装したルパン三世だったのだ。

現代の情報社会に忍び寄る、巨大な陰謀に巻き込まれていくハイテク・サスペンス！優秀なコンピューター・アナリスト、アンジェラ。インターネットを通じて政府の機密データにからむ陰謀にアクセスした彼女は、その裏に潜む巨大な組織により個人データを犯罪者のものとすり替えられ命を狙われる。唯一の味方だった昔の恋人までもが殺され、絶体絶命のピンチを迎えるが…。