De film begint in het 2003-universum. Een gevecht tussen de Paarse Draak-straatbende en de Turtles wordt vastgelegd op film, maar wanneer deze later op tv wordt uitgezonden beweren alle vier de turtles (die uit het 2003-universum) niks af te weten van deze vechtpartij. Ze breken in bij het hoofdkwartier van de Paarse Draken om deze “dubbelgangerturtles” te vinden, maar ontdekken dat de dubbelgangers wel degelijk echte Turtles zijn.
Paul Conway is een 15 jarige jongen die verhuist is naar een andere stad. Hij heeft een robot met de naam BeeBee. Paul raakt bevriend met zijn buurmeisje Samantha maar op een avond mishandeld haar vader haar zo erg dat ze klinisch dood is. Paul wil haar redden door Beebee's microchips in haar hersenen te implanteren maar dat heeft gevolgen.
Kim is een doodgewone, vijftienjarige Deense jongen. Hij houdt van bier, gaat graag feesten met zijn vrienden en heeft een hekel aan school. Kims ouders zijn gescheiden en zijn moeder verdient niet veel geld. Tijdens een bankoverval leert Kim Marianne kennen, een meisje van ongeveer zijn leeftijd. De twee worden door de overvallers gegijzeld en meegenomen naar het platteland.
Zenon Kar is een doodgewoon meisje dat in het jaar 2049 met haar familie in een ruimtestation woont. Op een dag krijgt ze echter ruzie met Parker Windom, de baas van het ruimtestation, en wordt ze verbannen naar de ergste plaats die ze zich maar kan voorstellen: de planeet Aarde. De aanpassingen aan het aardse leven verlopen in eerste instantie niet zo best, maar na verloop van tijd begint Zenon aan het primitieve bestaan te wennen en maakt ze zelfs een paar vrienden.
Ergens in de toekomst wordt Terra (Gertz) met haar - voornamelijk mannelijke - gaden gevangen gehouden door Grock (Jordan), een soort nazi. Het groepje bereidt een ontsnapping voor met behulp van de 'Bhodi', een oude mystieke kracht.
De studie gaat niet zo geweldig voor de sexy hoofdpersonen. Ze besluiten dat hier verandering in moet komen en starten met enkele extra 'buitenschoolse' activiteiten. Vanaf dat moment worden er alleen nog maar tienen gehaald! Elke man die in de buurt komt, bezwijkt voor hun charmes; zowel leraar als student.
Ross probeert in het reine te komen met de zelfmoord van een van zijn klasgenoten, terwijl hij merkt dat zijn leven om hem heen instort. Plotseling raakt hij verwikkeld in een nieuwe vriendschap met het nieuwe meisje op school, Róisín. Ze helpt hem in de goede richting te leiden terwijl hij probeert zijn leven een andere wending te geven en zijn emoties te verwerken. Ze is alles wat hij ooit in een meisje wilde, behalve het feit dat ze homo is.