24e eeuw. Het universum zoals wij dat kennen is geleidelijk onder het juk van machtige maffia-organisaties gevallen. De meest angstaanjagende van allemaal, de Space Pirates Guild, is gretig op zoek naar de enige man die tegen hen in opstand is gekomen, een eenzame piraat wiens naam resoneert als een legende: Cobra! Planeet Venus.
Het is het jaar 2266. Na enkele jaren van ontwikkeling zijn de eerste vernietigingsprototypes klaar. Wanneer president Sheridan de resultaten onderzoekt, krijgt hij visioenen over een toekomstige Apocalyps. Sheridan's visioenen lijken werkelijkheid te worden wanneer de Drakh, de bondgenoten van de overwonnen Shadows, een offensief beginnen tegen de mensheid. Het is aan een nieuw team van ruimtekrijgers om met de Excalibur en Victory te voorkomen dat de visioenen van een Apocalypse uit zullen komen en de plannen van de Drakh te dwarsbomen.
In dit vervolg op 2001: A Space Odyssey wordt een Amerikaans/Sovjet-expeditie naar Jupiter gestuurd om uit te zoeken wat er mis is gegaan met de U.S.S. Discovery, terwijl de spanningen op aarde steeds groter worden.
Houston, 1985. Enkele momenten voordat NASA's eerste bemande ruimtevlucht, Capricorn 1 naar Mars zal plaatsvinden, worden de drie astronauten naar een verlaten basis gebracht, waar hun baas Kelloway hen meedeelt dat hun ruimtepakken niet bruikbaar zijn voor een ruimtevlucht.
De eerste bemande vlucht naar Mars, onder bevel van Luke Graham (Don Cheadle), landt in het jaar 2020 veilig op de rode planeet. Maar het Marslandschap herbergt een bizar en afschuwelijk geheim. Een mysterieus drama heeft rampzalige gevolgen, waarbij er onder de bemanning slachtoffers vallen. De raadselachtige laatste boodschap van Graham laat de NASA niet los. De Mars Recovery Mission wordt gelanceerd om uit te zoeken wat er is gebeurd en om eventuele overlevenden op te halen.
Wanneer de Duitsers in 1945 voelen aankomen dat het wel eens verkeerd voor ze kan aflopen, vertrekken ze naar de maan. In een geheime basis houden ze zich schuil en berusten zich op wraak. In 2018 komen ze terug naar de Aarde.
Jillian Armacostis getrouwd met astronaut Spencer. Als hij in de ruimte is, is ze altijd bang dat er iets zal gebeuren. Dan wordt haar angst werkelijkheid: tijdens een routine-missie verliest de aarde twee minuten het contact met de space shuttle. Spencer overleeft het voorval en terug op aarde lijkt alles in orde, maar Jillian vertrouwt het niet. Ze denkt dat haar man is veranderd. Wanneer ze zwanger wordt, begint ze nachtmerries te krijgen en wordt ze depressief. Het gevoel blijft knagen dat er iets mis is met haar man. Ze begint bang voor hem te worden, raakt steeds meer in de war en probeert uit te vinden wat er aan de hand is.
De Silver Surfer komt de aarde bezoeken, wat betekent dat aarde een ramp tegemoet kan zien. Terwijl deze Silver Surfer over de wereld rondraast en overal waar hij komt chaos en vernietiging achterlaat, komt het Fantastic Four team in actie om hem tegen te houden en tevens de terugkeer van hun aartsvijand Dr. Doom tegen te gaan.
De Critters zijn weer terug en dit keer in de ruimte, in een ruimteschip! Premiejager Charlie komt ook in dit ruimteschip terecht en moet een groepje wetenschappers, dat zich in het schip bevindt, helpen deze moordlustige beestjes te vernietigen.
In 1997 werden de meeste conventionele massavernietigingswapens verlaten. In een baan om de aarde bevindt zich echter een FLORIDA ARKLAB-ruimtestation, dat in staat is het weer op elke locatie op de planeet beneden te volgen. Van nature een civiel project, maar dat zou kunnen worden gebruikt als aanvalswapen, waardoor natuurrampen zoals stormen of overstromingen kunnen ontstaan.
Er wordt voorspeld dat een gigantische zonnevlam de aarde zal verbranden. Een groep van astronauten moet naar de zon reizen om daar op het juist moment een speciale bom te droppen die de zonnevlam van richting moet laten veranderen.