人間の体内を舞台にしたSF冒険映画の傑作。脳に障害を起した要人を救うべく、ミクロ・サイズに縮小された科学者グループは特殊潜航艇プロテウスに乗り込みその体内に入った…。

南極で研究を続ける古代気象学者ジャック・ホール教授は調査データから地球規模の自然危機を予感する。そして、その4か月後、東京などで異常気象が発生し彼の嫌な予感は現実味を帯びてくる。

ハリウッド最高峰のスタッフが坂口博信監督のもとに集結して完成させた、史上空前のフルCG作品。 西暦2065年の地球。かつて隕石とともに現れた謎の侵略者ファントムの襲来を受け、人類に未曾有の危機が訪れていた。どんな物質も透過して進み、あらゆる武器が効かず、触れただけで命を奪う無敵の存在達に、残った人類はバリアシティに暮らしながら、生命力を兵器に転用し、わずかな抵抗を続けていた。 そんな中、老科学者のシドと女性科学者アキはファントムを無力化させる融和波動を発見、これをもつ8つの生命体を探して人類を救おうとしていた。一方で政府は最終兵器を用い、ファントムの本拠、隕石を叩いて一気に戦争を終結させ地球を守ろうと計画を進めていた。やがて知る驚くべきファントムの正体と生命波動の関係。果たして地球の運命は……。

天才科学者のリチャーズは、元恋人のスー、スーの弟でパイロットのジョニー、そして親友のベンとともに、宇宙に出て実験を行うことになった。だが事故により宇宙線を浴びて4人とも超能力を得てしまう。彼らはこの力を世のために役立てようと考え、スーパーヒーローチーム「ファンタスティック・フォー」を結成する。

2157年の深宇宙、マクシムは、自由調査団の宇宙船パイロットを務めていたが思わぬ隕石事故に遭う。未知の惑星に不時着するも宇宙船は大破してしまう。やがて彼は、その惑星が軍事独裁政権「匿名の父たち」に支配され、政府の設置した防衛塔が放つ特殊光線によって国民がマインドコントロールされていることを知る。そんな現状を目の当たりにし、マクシムは自らの命を投げ打つ覚悟で政府に戦いを挑む。

ナノサイズになる人体探査機・ヒポクラテス号に乗り込んだジオとノウ博士。ところが小さくなった“ヒポ号”をピピがうっかりのみ込んだ…!?巨大な歯につぶされそうになりながら猛スピードでピピの体の中に流れ込んだ2人。胃から腸へと向かって脱出するつもりがトラブル続きで脱出不可能、絶体絶命の大ピンチ!!そして突然苦しみ出すピピの身に一体何が…！?ピピとの約束を果たすため、ジオは決死の行動に出る。「必ずピピを救って、サバイバルしてみせる！」