L'espectacular batalla entre els Evangelion, les màquines de combat definitives creades per la humanitat, i les insondables entitats conegudes com a Ángeles s'intensifica fins a aconseguir el punt de ruptura a partir del qual ja res tornarà a ser com abans. Sota l'incessant ataqui invasor, l'agència NERV activa dues noves unitats d'Eva pilotades per la misteriosa Mari Illustrious Makinami i l'agressiva Asuka Langley Shikinami.

Anglaterra, 1867. Poc després de conèixer-se, Charles Smithson i Ernestina es comprometen i decideixen casar-se molt aviat. Un dia, passejant pels penya-segats, una jove vestida de negre desperta la curiositat d'en Charles. L'Ernestina li diu que es tracta de la Sarah Woodrof, coneguda com "la dona del tinent francès", perquè anys enrere va tenir una relació amorosa amb un oficial francès que després la va abandonar. El Charles es fa amic de la Sarah i, en veure-la tan desvalguda, decideix prendre mesures per garantir-li un futur digne i fora de l'abast de les xafarderies.