Scooby-Doo en de bende werken samen met hun vrienden, Bill Nye The Science Guy en Elvira Mistress of the Dark, om dit mysterie van gigantische afmetingen op te lossen en Crystal Cove te redden!
1693, Salem, Massachusetts. Drie heksen brouwen een afschuwelijk drankje waarmee ze alle kinderen van Salem willen doden. Zo zouden ze de jeugd van de kinderen overnemen en zelf onsterfelijk worden. Binx, een dertienjarige jongen, kan de plannen van de heksen verijdelen, maar wordt zelf in een kat veranderd. Als wraak spreken de heksen een vloek uit over de inwoners van Salem... 1993.
Een vijfluik van horrorverhalen, geïnspireerd op de oude DC horrorcomics. In 'Father's Day' brengt een zombie een vaderdagstaart naar zijn dochter. In 'The Lonesome Death of Jordy Verril' ontdekt een boer een meteoriet en wordt daarna ziek. In 'Something to Tide You Over' begraaft een man zijn vrouw en haar minnaar in het strand en wacht tot het vloed wordt. In 'The Crate' wordt een geheimzinnige kist met een in de kelder van een school gezet. Helaas zit er een beest in een krat dat al gauw ontsnapt. In 'They're Creeping Up On You' krijgt een rijke man gezelschap van ontelbare kakkerlakken.
Michael Myers wordt overgebracht naar een andere inrichting. Hij ontsnapt echter onderweg en gaat op zoek naar Jamie Lloyd. Jamie is de dochter van Michaels oudste zus. Omdat Jamie's ouders dood zijn, is ze geadopteerd door de familie Carruthers. Michael wil Jamie vermoorden en richt op weg naar zijn ultieme slachtoffer een moorddadig spoor door het eens zo rustige stadje.
Opgesloten in een kast op school tijdens Halloween 1962, ziet de kleine Frankie Scarlatti de geest van een jong meisje dat daar jaren geleden is vermoord.
Laurie Strode (uit de eerste twee Halloween delen) is nu de hoofdlerares aan een prestigieuze privéschool, waar haar 17-jarige zoon op zit. Op de 20e verjaardag van de gebeurtenissen in het eerste Halloween-deel begint Laurie nachtmerries te krijgen over haar slechte broer, Michael Myers.
Hubie Dubois heeft het hart op de juiste plaats, maar wordt in zijn woonplaats Salem niet graag gezien. Meer nog is hij voortdurend het mikpunt van spot door zijn obsessie met Halloween. Dit jaar echter lopen er op deze feestdag werkelijke monsters rond in Salem en Hubie neemt de taak op zich om het gevecht met hen aan te gaan.
Vijf werknemers van het carnaval worden op de dag voor Halloween ontvoerd. Vervolgens worden ze vastgehouden op een grote plaats bekend als Murder World. Ze hebben 12 uur om een moorddadig spel genaamd 31 te overleven. In het spel zijn er moordlustige maniakken verkleed als clowns, The Heads, die hen opjagen.
Zes jaar terug, terroriseerde Michael Myers het stadje Haddonfield en zijn nicht, Jamie Lloyd, verdween. Zij werd gekidnapped door een groep handlangers van Michael. Nu, zes jaar later, is Jamie ontsnapt en heeft ze inmiddels Michael's zoon op de wereld gezet. Jamie gaat terug naar Haddonfield om opnieuw de hulp van Dr. Loomis in te roepen. Ondertussen woont de familie die Laurie Strode geadopteerd heeft in het ouderlijk huis van Myers; de familie die door Michael voortdurend in de gaten gehouden wordt. Michael Myers gaat gebukt onder de vloek van Thorn, die hem ertoe beweegt de hele familie uit te moorden. Het is aan Dr. Loomis en Tommy Doyle om de psychopaat te stoppen.