Twee jaar zijn gepasseerd sinds Edward Elric terecht kwam in het Duitsland van 1921. In die tijd heeft hij veel onderzoek gedaan in de hoop een methode te vinden om terug te kunnen keren naar zijn tijd, helaas zonder resultaat. Wanneer hij hoort dat de Thule Society, die banden heeft met de Nazi partij, achter de locatie van de mystieke andere wereld, "Shambala", is gekomen, krijgt hij opnieuw hoop.
De film vertelt het verhaal van Harvey Milk (Sean Penn). Harvey Milk was het eerste homoseksuele gemeenteraadslid van San Francisco en was één van de allereerste activisten voor gelijke rechten. Milk leert in deze periode onder andere de activisten Cleve Jones (Emile Hirsch) en Scott Smith (James Franco) kennen waarmee hij verschillende mooie, maar ook dramatische momenten beleeft.
Giovanni is een psycholoog die graag een stukje gaat joggen met zijn zoon Andrea. Hij geniet van zijn gezin en alles gaat zijn gangetje. Op een dag moet Giovanni op noodbezoek bij een patiënt. Andrea besluit in plaats van alleen te gaan joggen, te gaan duiken met vrienden. Als Giovanni weer terugkeert van zijn noodbezoek wacht er een onaangename verrassing.
De oude geheim-agent Frank Horrigan wordt achtervolgd door zijn falen tijdens de moord op president Kennedy, waar hij als taak had hem te beschermen. Dertig jaar later bedreigt een man die zich "Booth" noemt de huidige president. Hierdoor wordt Horrigan gedwongen om terug te keren in het vak, en zo geconfronteerd te worden met zijn herinneringen aan het verleden.
Tracy Flick (Reese Witherspoon) is een ambitieuze high school studente die alleen tienen haalt en vastbesloten is om voorzitster te worden van Carver High's leerlingenraad. De populaire leraar Jim McAllister (Broderick) besluit om Tracy's bezeten prestatiedrang te stuiten door met een tegenkandidaat te komen. Mr. M. had nooit kunnen denken dat Tracy ergens vanaf houden net zo moeilijk is als tandpasta in de tube terugstoppen.
De leider van de Democratische Partij overlijdt door een auto-ongeluk, een week voor de verkiezingen. Onmiddellijk breekt er een interne machtsstrijd uit binnen de partij. De partij is de grootste van het land, dus de lijsttrekker zal waarschijnlijk Minister-President worden. Een jonge journalist krijgt een primeur, maar ontdekt al snel dat hij gebruikt wordt als pion in een lastercampagne tegen één van de kandidaten. Wanneer hij zich hiertegen uitspreekt wordt hij ontslagen. Hij besluit om dan zelf maar de waarheid aan het daglicht te stellen...
Francesco is een psychoanalyticus die worstelt met drie hopeloze oorzaken: een boekhandelaar die verliefd is op een boekendief, een lesbienne die vastbesloten is om hetero te worden na een liefdesverdriet, en een 18-jarige die een relatie heeft met een veel oudere getrouwde man. Helaas zijn deze patiënten ook zijn drie geliefde dochters!
New York. Jerry Falk is een jonge komedieschrijver die van zijn grote doorbraak droomt. Hij wordt gesteund door zijn mentor David Dobel, met wie hij veel wandelingen door Central Park maakt en dan praat over alles wat hen bezighoudt. Amanda is een zelfzuchtige vrije geest die mannen helemaal gek maakt. Jerry en Amanda vallen voor elkaar en gaan samenwonen, maar hebben veel tijd nodig om hun complexe relatie uit te werken. Die taak is normaal gesproken al moeilijk genoeg voor beginnende koppels, maar wordt nu dubbel zo zwaar omdat Amanda’s moeder bij hen komt wonen in hun kleine appartement.
Mickey en Froggy zijn kandidaten die zich kandidaat stellen voor het presidentschap van de club van de bende. Wanneer de stemming in een gelijkspel blijft eindigen, eindigt de club verdeeld. Boekweit herinnert iedereen vervolgens aan de lessen die Abraham Lincoln heeft geleerd toen Amerika ooit verdeeld was.
Een psychologe die een kluizenaarsleven leidt en jarenlang haar beroep niet meer uitoefent besluit de zaak van Veronica aan te nemen. Het betreft een jonge vrouw wier behandeling werd onderbroken door de verdwijning van haar therapeut.
De Afrikaanse vluchteling Choukri wordt in Parijs opgevangen door een vriendelijke priester die hem een baantje bezorgt in de praktijk van een bekende psychoanaliste. Het duurt niet lang of de dokteres komt er achter dat Choukri eigenlijk liever een vrouw zou willen zijn. Op aanraden van zijn bazin begint Choukri zich vrouwelijk te kleden en te gedragen. Herboren als de sexy Chouchou begint hij/zij aan een opvallend avontuur in het bruisende nachtleven van Parijs.