4世紀、ローマ帝国末期のエジプト、アレクサンドリア。宗教をめぐる市民の対立から街が荒廃する中、類まれなる美貌と明晰な頭脳を持った女性天文学者ヒュパティア（レイチェル・ワイズ）は、分け隔てなく弟子たちを受け入れ、講義を行なっていた。彼女は訴える。「世の中で何が起きようと、私たちは兄弟です。」生徒でもあり、後にアレクサンドリアの長官となるオレステス（オスカー・アイザック）、そして奴隷ダオス（マックス・ミンゲラ）は密かに彼女に想いを寄せていた。やがて、科学を否定するキリスト教徒たちと、それを拒絶する学者たちの間で、激しい対立が勃発。戦いの最中、キリスト教指導者は知る。この都市の有力者たちに多大な影響を与えているのは、ヒュパティアだということに。そして攻撃の矛先は、彼女に向けられたのだった―。

それは多くの人々にとって多くのことでした：若者の野心、勇気、慢に満ちたハンサムな戦士王は、小さな軍隊を巨大なペルシャ軍に導きました...息子は必死に厳しい父親の承認を求めて、 戦い、そしてそれに対する彼の忠誠心と彼の母親への愛の間で苦労しました...戦いに決して負けず、彼の兵士を既知の世界の果てまで押し付けた冷酷な征服者...夢、偉業、運命が残された幻想家 歴史上の彼らのマークは、今日の世界を形作るのに役立ちます。 彼はそれ以上でした。 彼はアレキサンダー大王でした。