داستان طومار نینجا درباره یک شمشیرزن بدون استاد و سرگردان به نام کیباگامی جوبی است که به تنهایی سفر می‌کند و به استخدام کسانی که به او به عنوان پاداش طلا و چیزهای با ارزش می‌دهند در می‌آید. در آن زمان ژاپن در بحران به سر می‌برد و بیماری طاعون در حال نابودکردن روستاها بود و حتی خود دولت ژاپن را نیز درگیر کرده بود. جوبی نیز به طور غیرمستقیم درگیر برنامه یک گروه شیطانی به نام ۸ شیطان شد، که هدف آن‌ها تسخیر ژاپن بود.
هورتون در جنگل نول مشغول آب‌تنی است و در همین هنگام از یک توده‌ی گردوغبار، صداهای عجیبی می‌شنود. بعدا هورتون درمی‌یابد که آن توده، برای محافظت از شهر هوویل و تمام ساکنان میکروسکوپی آن است. شهری که شهردارش، ند بر آن حکومت می‌کند. وی یک زن مهربان دارد و ۹۶ دختر و یک پسر هم دارد به نام جوجو که قرار است شهردار آینده‌ی شهر «هوو» بشود. ند با هورتون توافق می‌کند که برای محافظت و حمایت از آن‌ها، مکانی امن در نظر بگیرد. البته این‌کار هورتون، باعث تمسخر وی از طرف بقیه جانوران جنگل می‌شود و…
«اليوت وون» (پاکستن)، ميلياردي علاقه مند به کوه نوردي، «آني گارت» (تاني) را به خدمت مي گيرد تا هم راه هم قله ي «کي 2» در هيمالايا را فتح کنند. در ميانه ي صعود با تغييرات آب و هوايي، «آني» و «اليوت» و گروه شان غافل گير و در غاري اسير مي شوند. «پيتر» (اودانل)، برادر «آني» که در همان منطقه عکس برداري مي کرده، از ماجرا آگاه مي شود و به سرعت گروهي را براي نجات آنان گرد مي آورد...
جیمی نوترون نابغه به همراه دوستانش باید پدر و مادر خود را که به دست بیگانگان ربوده شده‌اند، نجات دهند…