サイコキラーの心理に、自らのそれをシンクロさせて事件を解決するFBI捜査官ウイル・グラハム。その捜査方法は、自己を崩壊させかねない危険なものだった。家族とマイアミで静かに暮らす彼に、FBIから出動要請が。普通の捜査官の手に負えないシリアルキラーが現れたのだ。

前作で息絶えたチャッキーだったが、アンディとグッドガイ人形の事件が全国で取り上げられグッドガイ人形の製造元は人気が低迷した。チャッキーを復元して人形に異常はないということを証明しようとしていたのだが、人形にはまだ凶悪殺人鬼の魂が残っていた。元に戻ったチャッキーは再び魂を取るためアンディを探しにいくのであった。

九死に一生を得て助かったFBI捜査官ストラムは、傷一つ負わずにゲームから生き残ったホフマン刑事こそジグソウの後継者ではないかと疑う。一方、ジグソウ生前に弁護士に預けられた遺言と遺品を見て衝撃に襲われるジグソウの元妻、ジル。そして、コンクリートの床の上で5人の男女が目覚めると、犬の首輪に繋がれ、V字型の大きな刃がセットされていた…。新しいゲームの仕掛け人は、果たして、ホフマン刑事なのだろうか？　そしてジグソウの遺言の内容、ジルが驚愕した遺品とは何なのだろうか？