In 1944, na de zege van Franco, verhuizen de 12-jarige Ofelia en haar zwangere moeder naar een landelijk gebied in Noord-Spanje, waar ze bij Ofelia's strenge en keiharde stiefvader Kapitein Vidal komen wonen.
Mal keert terug naar het eiland waar ze oorspronkelijk vandaan komt. Eenmaal aangekomen komt zij tot de ontdekking dat haar aartsvijand, genaamd Uma, zichzelf benoemd heeft tot koningin. Uma, die nog steeds boos is omdat ze niet naar het magische land Auradon gestuurd werd, leidt er tevens een bende piraten. Uma en haar bende blijken duistere plannen te hebben.
1962, gedurende de Koude Oorlog. De stomme schoonmaakster Elisa vindt op een dag samen met haar collega Zelda een visachtig creatuur waarvoor ze snel empathie voelt. Dit wezen is de laatste van zijn soort en wordt door de Amerikaanse overheid bestudeerd om eventueel te worden ingezet in het leger of in de ruimtevaart.
Peter Pan is inmiddels volwassen en gaat door het leven als Peter Banning. Hij is advocaat met een drukbezette agenda en een klein beetje overgewicht. Peter is al lang vergeten dat hij ooit Peter Pan was, de jongen die kon vliegen en nooit zou opgroeien. Wanneer hij voor een galadiner naar Londen moet, worden zijn kinderen gekidnapt door de beruchte Captain Hook. Om zijn kinderen te redden moet Peter Pan, met behulp van de Lost Boys (die hem weer leren hoe hij moet leven en vliegen), terugkeren naar Neverland. Peter Pan wordt bijgestaan door Tinkerbell, die kleine fee die haar hart aan Peter Pan heeft verpand. Bob Hoskins is Smee, Hook's rechterhand in piraterij en plunderij.
In de perfecte animatie-wereld heerst een tovenares-koningin totdat haar stiefzoon een vrouw gevonden zal hebben. Wanneer hij bij toeval in het bos een naïef meisje ontmoet, vraagt hij haar meteen ten huwelijk. Door toedoen van haar aanstaande schoonmoeder belandt zij echter in het hedendaagse New York, waar zij zich uiteraard geen raad weet. Maar dan ontmoet ze een aantrekkelijke jonge vader en haar wereld verandert ingrijpend. Haar droomprins is haar echter gevolgd, evenals een dienaar van de boosaardige koningin, die haar plannen in het honderd gooit. Dan besluit zij maar zelf een eind aan de voorgenomen idylle tussen haar stiefzoon en het bosmeisje te maken.
Sneeuwwitje is de enige dochter van een koning, maar zit opgescheept met een gemene stiefmoeder die zo jaloers is op de schoonheid van het meisje dat ze Sneeuwwitje wil laten doden.