地球外知的生命体の存在を研究している天文学者エリーは、ある夜、未知の電波をキャッチする。それはヴェガ星からのものであり、地球上の映像と謎の設計図が納められていることが判明。それはヴェガ星への輸送機関であった。急ピッチで基地が建造されるが、エリーはパイロットの選考から洩れてしまう。だがテロリストによってヴェガへの発進基地は無残にも破壊されてしまう。
巨大クレーターが観光名所の米南西部の砂漠の街アステロイド・シティ。科学賞の栄誉に輝いた5人の天才的な子供たちの授賞式の最中に宇宙人が到来する事件が発生。軍は宇宙人出現の事実を隠蔽しようとするが、子供たちは外部へ情報を伝えようと企てて……。