佐藤が企てる計画の第2ウェーブ「浄化」によって要人が次々と殺されていき、計画は最終段階である「第3ウェーブ」に進もうとしていた。日本政府はテロリストには断固として屈しないという姿勢を貫き、水面下では警察や特殊部隊、そしてアメリカ国防省もそれぞれの動きをみせるなか、亜人の高校生・永井圭も佐藤を無力化させるための策を練るが……。
阿良々木暦の物語は終わった。地獄のような春休みから始まり、いくつものめぐり合わせを経て、阿良々木暦の高校生活最後の一年間は終わった－－かに思えた。だが卒業式を終えた翌朝、思いがけない事態が起こる。暦は、鏡の世界に迷い込んでしまっていた。これは、高校生でもない、大学生でもない、そんな時期に阿良々木暦が体験した、終わりの、続きの物語。
あの戦いから2年。 セフィロスがもたらした大破壊から立ち直りつつあった 魔晄都市「ミッドガル」を、謎の厄災が襲う。 「星痕症候群」と呼ばれるその病は、治療方法も見つからないまま次々と人々を死に至らしめていく。 この病に呼応するかのように現れた新たなる敵。 平和と引き換えに大事な仲間達を失い、深い自責の念に心を閉ざしていたクラウドは、眼前に迫った避けようのない戦いを前に思い悩む。 「罪って許されるのか。」 長い葛藤の末、ついに戦いを決意するクラウド。 敵の目的は何なのか?なぜ人々が病に倒れるのか? 人知を超えた戦いの先に待ち受けていた真実とは──。
一流企業に勤める旬太郎（大沢たかお）は、大がかりなリストラの陣頭指揮を任される。やり場のない気持ちに悩んでいた彼は、ひょんなことから恋人の実家の家業である築地市場の仲卸業を手伝うことになる。魚河岸独特のルールや人間関係に悪戦苦闘する中、サラリーマン生活に疑問を感じはじめた彼は、会社を辞めることを決意する。
戦争の影響で人々は地上に住むことが困難になり、星も見えない世界。かつて“屑屋”と名乗っていた男は“星屋”と名を変え、地下で生活する人々に星の美しさを伝えている。また、彼に敬意を払う人々には“星の人”と呼ばれていた。そんな世界を旅する星の人には、ある心残りがあった。旅の途中で3人の少年少女に出会った星の人は、かつて知り合ったロボットの少女と、彼女と出会った“封印都市”のことを思い出す。
埼玉県人が東京都民から激しい迫害を受け、通行手形なしには都内に出入りも許されない社会。そんな中、都内の超名門校・白鵬堂学院に、アメリカからの帰国子女・麻実麗が転校してくる。学院に生徒会長として君臨する都知事の息子・壇ノ浦百美は、美少年の麗に強く心を奪われるが、実は麗は埼玉解放戦線の闘士である隠れ埼玉県人だった。やがて麗の正体が発覚、百美は都民としての地位も未来も捨て、麗とともに逃亡することになる。