本片根据林海音的同名短篇小说改编。 小女孩林英子（沈洁 饰）住在五十年前的北京南城，在他们家院子附近住着一个疯女人秀珍（张闽 饰），秀珍的丈夫因参与学生运动被杀，孩子也不知所踪，因此落下了疯病，时常把英子当做自己的孩子“小桂子”看待，英子也喜欢秀珍，答应帮她找回小桂子。英子有个苦命的小伙伴妞儿，学戏时常遭干爹打骂，英子偶然发现妞儿有小桂子的胎记，帮助她们母女相认。英子上小学后，一家人搬到了厂甸。在家门口荒废的院落里，英子发现了一个小偷（张丰毅 饰）藏赃的草堆，小偷为了供弟弟读书只得干不光彩的勾当，英子却不把他看作是坏人。不久，女佣苏妈返乡，父亲去世，英子的童年，彷佛一下结束了……

美树沙耶香与丘比签订契约，成为魔法少女中的一员。善良的沙耶香自始至终贯彻着为他人而战的信念，可是在毫无规则和人性的战斗中，她渐渐迷失自我，最终走向了灭亡。弥漫着忧愁宿命感伤氛围的雨中，沙耶香的葬礼静悄悄地举行。经历了大起大落看尽世间空虚落寞的鹿目圆独自返回家中，沉浸在对好友的思念之中。而丘比关于沙耶香之死毫无情感的陈述令她身为恼怒。她无论如何也不能理解丘比诉说的孵化者和人类共度的漫长历史。不久后，小圆以充满决心的视线，注视着魔女之夜。她告诉身负重伤的焰，“我找到想实现的愿望了。”得知魔法少女命运的她，将会许愿何种愿望，做出何种决定？

就读于市立见泷原中学二年级的女孩鹿目圆，日复一日过着普通平凡的生活。某天晚上，她梦见一个伤痕累累的少女与神秘的生物交战。次日清晨，名叫晓美焰的女孩转到小圆的学校上课，而晓美焰竟然与小圆梦中的女孩一模一样。放学途中，小圆与好友美树沙耶香遭遇了梦中那个神秘生物——满身伤痕、奄奄一息的丘比，追杀丘比的则是转校生晓美焰。小圆和沙耶香救助了丘比，却意外闯入了一个神秘的空间。关键时刻，魔法少女巴麻美救助了她们，奇妙的魔法少女世界由此拉开序幕。

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1952年北京中学生夏令营联欢会上，女七中高三学生杨蔷云一场热情赞美青春的朗诵引发了在场听众的许多想法。年轻党员、团支书郑波从蚕过地下斗争，他非常关心从孤儿院院长大的同学呼玛丽。李春虽然学习不错但爱捉弄同学，受到老师的严厉批评，她却把怨气发泄到杨蔷云身上。杨蔷云想帮助资本家出身的苏宁，但苏宁因为心中苦闷而去教堂，后杨蔷云了解到苏宁心中的痛苦，与苏宁进行心与心的交流，鼓励她投入新的生活。李春想靠独立奋斗取得成功，结果写剧本失败，学习成绩也下降，杨蔷云与她谈心，使她感受到集体的温暖。呼玛丽在大家的关心下感受到党组织的关怀，慢慢融入到集体中去。转眼，同学们要毕业了，大家一边憧憬未来，一边留恋着即将过去的中学生活。