Bruce Wayne, alias Batman, en Lt. James Gordon bundelen hun krachten met de nieuw aangewezen Officier van Justitie Harvey Dent. Samen proberen zij de chaos tegen te gaan die Gotham momenteel teistert, veroorzaakt door niemand minder dan Batmans ergste vijand, The Joker.

Tony Stark is een multimiljardair, industrialist en bovenal een geniale uitvinder. Hij wordt ontvoerd en gedwongen om een verschrikkelijk wapen te bouwen. In plaats daarvan construeert hij een ingenieus ijzeren pak waarmee hij weet te ontsnappen. Als hij terugkeert in de V.S. ontdekt hij een complot dat de stabiliteit van de wereld in gevaar brengt. Onder zijn alias Iron Man probeert hij het tij te keren.

Omdat Jor-El de raad van Krypton niet kon overtuigen dat hun planeet zal verwoest worden, stuurt hij zijn zoon Kal-El naar de planeet aarde, zodat hij hun ras kan redden. Daar wordt Kal-El opgevoed door de familie Kent, ze noemen hem Clark Kent. Op aarde blijkt hij over superkrachten te beschikken, met die krachten wilt hij het slechte in de wereld bestrijden. Als hij volwassen is gaat hij in Metropolis bij de Daily Planet werken als reporter. Daar leert hij zijn eerste liefde kennen, Lois Lane.

Een dappere, maar zachtaardige jonge soldaat genaamd Steve Rogers moet aan een aantal experimenten deelnemen voor het Amerikaanse leger, het zogenaamde Super Soldier programma. Maar wanneer het experiment wordt stopgezet besluiten ze Steve te gebruiken om het imago van het Amerikaanse leger te verbeteren.

Stanley Ipkiss is een bankmedewerker die constant wordt vernederd bij confrontaties, en niet voor zichzelf durft op te komen. Na één van de ergste dagen uit z'n leven vindt hij een masker. Wanneer hij het masker opzet komt zijn binnenste ik boven: een cartoon-achtige, romantische en wilde man. Een misdaadbaas gaat achter Ipkiss aan, nadat een vriend van hem dankzij hem de dood vindt.

Peter Parker is een jonge, middelbare school student, die sinds de plotselinge verdwijning van zijn ouders bij zijn oom Ben en tante May woont. Tijdens een zoektocht naar zijn ouders komt hij terecht in het laboratorium van wetenschapper Dr. Curt Conners, waar hij plotseling wordt gebeten door een radioactieve spin. Peter ontdekt vervolgens dat deze spin hem bijzondere gaven heeft gegeven en hij besluit om deze krachten te gebruiken om de misdaad tegen te gaan.

Barry Allen, een plichtsgetrouwe politieagent, verandert door een ongeluk in een laboratorium in The Flash, de snelste mens op aarde. Hij gebruikt zijn superkrachten om eigenhandig af te rekenen met The Dark Riders, een bende gemene slechteriken.

Batman en Robin, het dynamische duo dat de straten van Gotham City veilig houdt, moeten de strijd aanbinden met maar liefst vier aartsrivalen; de Joker, de Penguin, Catwoman en de Riddler. Dit duivelse kwartet is van plan om de top van de VN te de-hydrateren met de gestolen uitvinding van de ietwat vreemde kapitein Schmidtlapp.

Logan en Victor zijn broers en tevens mutanten met bijzondere gaven. Nadat ze als soldaten worden gearresteerd, vraagt kolonel William Stryker het tweetal voor een bijzondere opdracht met een speciaal team van mutanten. Ze besluiten het te doen, maar op een gegeven moment stapt Logan op, om een vredig leven te starten. Als Logan een aantal jaren later echter wordt geconfronteerd met zijn gewelddadige broer Victor, besluit hij opnieuw met Stryker in zee te gaan. Stryker maakt van hem een uitzonderlijke mutant, sterk genoeg om Victor te verslaan. Wolverine is geboren.

Dr. Bruce Banner probeert te leven met zijn alter-ego The Hulk, een groen, groot en enorm sterk wezen dat verschijnt als hij kwaad begint te worden. Dit is absoluut niet eenvoudig aangezien er horden mensen achter hem aan zitten die misbruik willen maken van zijn bijzondere krachten. Maar dan ineens verschijnt The Abomination (Tim Roth), een kwaadaardig en wild beest. Banner ziet zichzelf genoodzaakt zijn krachten te gebruiken om de stad te redden van dit afschuwelijke monster.

Een nieuwe kwaadaardige organisatie die bekend staat als Space Shocker en wordt geleid door de magie gebruikende Space Ikadevil en Space Spider Man, bedreigt de aarde door een onbekend fenomeen te veroorzaken. De Space Sheriffs Gavan type-G en Sharivan worden gestuurd om alle magie-gebruikers op aarde te executeren als reactie op de dreiging en beginnen Kamen Riders Wizard and Beast aan te vallen. Het Space Crime Syndicate Madou, dat ooit werd verslagen door de oorspronkelijke Sharivan, keert terug om nog meer chaos in de wereld te veroorzaken. Gedurende deze tijd vindt Yoko een mysterieuze kleine robot genaamd Psycholon, waar Space Shocker en de Madou om onbekende redenen naar op zoek zijn.

Bruce Banner is een onderzoeker in een laboratorium. Hij werkt mee aan een geheim project om een machine te bouwen waarmee levende cellen gemanipuleerd kunnen worden. Tijdens een experiment gaat er iets mis met Bruce. Hij lijkt nog dezelfde, maar als hij kwaad wordt verandert hij in een groot, groen, gespierd monster: de Hulk! De vraag is of hij zich kan redden van het gehele Amerikaanse leger dat hem nu achterna zit.

Een ongeval in een medisch laboratorium geeft aan een Beagle-jachthond genaamd Shoeshine een paar bijzondere superkrachten: hij wordt hoogbegaafd en kan spreken. Het is een geheim dat de hond uiteindelijk moet delen met een 12-jarige jongen genaamd Jack (Alex Neuberger) die zijn eigenaar en vriend wordt. Shoeshines bijzondere eigenschappen komen goed van pas als hij zijn liefje 'Sweet' Polly Purebred en de burgers van Capitol City moet beschermen tegen de kwaadaardige Simon Bar Sinister (Peter Dinklage).

Lev is megafan van superheld Healix, die supervillain Snotman op de meest spectaculaire manieren verslaat. In Levs dromen en als hij gamet kan hij alles, maar in het echte leven is hij onzeker omdat hij lastig kan lopen. Samen met zijn oma die alles durft gaat hij op avontuur om de échte Healix te ontmoeten en zijn superkracht te laten zien aan de wereld tijdens Comic Con.