カウボーイ人形のウッディはアンディ少年の大のお気に入り。だがそれも誕生日プレゼントでアクション人形バズ・ライトイヤーを手にするまでの事だった。NO．1の座を奪われたウッディは何とかバズをこらしめようとするが、バズはバズで自分が本物のスペース・レンジャーだと思い込んでいる有り様。そんな二人がふとしたいざこざから外の世界に飛び出してしまう。なんとか我が家へ帰還しようとする二人だが、なんとアンディの隣に住む悪ガキのシドに捕まってしまった……。

シュレックは他の人からは怖がられている怪物である。その外見とは裏腹に本質は心の優しい彼は、人里離れた沼地で一人気楽に暮らしていた。ある日、シュレックは森の中でお調子者でおしゃべりなロバのドンキーと出会う。シュレックに怯えて逃げた兵達を見てシュレックが自分を救ってくれたと思い込み嫌がるシュレックについて行く。ドンキーのおしゃべりにうんざりしたシュレックが戻ってみると、彼の沼地には妖精やおとぎ話の主人公達が押し寄せてきていた。

地球を飛び立った宇宙船は１年余りの宇宙航行の末、とある惑星に不時着した。乗組員のテイラーたちは沈没してしまった宇宙船をあとにし、その陸地を彷徨い歩くと猿人たちが人間狩りをしている驚愕の光景を目にする。この星では高等動物の猿が、口の聞けない下等動物の人間を支配していたのだ。テイラーたちも捕まり、奴隷のように理不尽な扱いを受ける。しかし、テイラーはチンパンジーのジーラ博士とコーネリアス博士の理解と協力を得て、同じ人間の女性ノヴァと共に逃亡、新天地を探し求めていく。

旅の末、フィオナの呪いを解き、無事に結婚したシュレックとフィオナ。幸せな日々を送っていたが、ある日フィオナの両親から、結婚の祝いを行うので来る様にとの手紙が届く。嫌われるに決まっていると最初は渋っていたシュレックだが、同じく結婚したドラゴンと近頃気まずいというドンキーと共に仕方なくフィオナの故郷「遙か彼方の王国」に旅立ち、到着するもシュレックの予想通り、シュレックや怪物姿のフィオナを見た両親はびっくりし、怪物という偏見と考えが合わないことでシュレックと国王は喧嘩をしてしまう。