يحكي الفيلم عن الأخ الأكبر (ديريك) ذو النزعات العدوانية الشديدة تجاه من هم غير أمريكيين من المهاجرين وبالخصوص أصحاب البشرة السوداء، وصراعه الدائم معهم إلى أن ينتهي به الحال في السجن بعد جريمةِ بشعة قام بها تجاه أحدهم والتغير الجذري ﻷفكاره داخل السجن.
يعيش الأسد أليكس والحمار الوحشي مارتي والزرافة ميلمين وفرس النهر جلوريا حياة مترفة في حديقة الحيوان، وذات يوم خطر ببال مارتي في تجربة الحياة في البرية، يحاول أصدقائه الهرب من تلك الفكرة، ولكنهم فوجئوا بشحنهم بالخطأ، وتحدث المغامرة حينما تفلت الصناديق التي تحملهم في البحر ليستقروا على جزيرة مدغشقر، حيث توجد بها مملكة قرود الليمور، والتي تعيش في تهديد دائم وخطر مستمر من حيوانات الفوسا.