1939年、ポーランド南部の都市クラクフにドイツ軍が侵攻した。ドイツ人実業家のオスカー・シンドラーは、一旗揚げようとこの街にやって来た。彼は金にものを言わせて巧みに軍の幹部たちに取り入り、ユダヤ人の所有していた工場を払い下げてもらう。ユダヤ人会計士のイツァーク・シュテルンをパートナーに選んだシンドラーは、軍用ホーロー容器の事業を始める。41年3月、ユダヤ人たちは壁に囲まれたゲットー（居住区）に住むことを義務づけられる。シュテルンの活躍で、ゲットーのユダヤ人たちが無償の労働力として、シンドラーの工場に続々と集められ事業はたちまち軌道に乗る。

ナチスのワルシャワ侵攻を目の当たりにし、死の収容所送りを奇跡的に逃れたシュピルマンは、ゲットーの廃墟に身を隠すことで第二次世界大戦を生き延びる。

第２次大戦末期のイタリア。空襲で破壊された修道院でカナダ人看護師ハナは、ある患者の世話をしている。重い火傷で英語を話すが自分の名は思い出せない。英陸軍工作兵のキップ、カナダ軍諜報部隊のデヴィッド・カラヴァッジョと共に修道院で一緒になった４人。カラヴァッジョは患者に問いかけ、患者は徐々に記憶を取り戻す。