Di Jepang yang dilanda perang, Shogun Tokugawa, yang putus asa untuk memulihkan perdamaian bagi rakyatnya, memerintahkan pembunuhan para panglima perang yang bermusuhan. Seorang wanita muda yang cantik dibesarkan sejak lahir dengan sembilan anak yatim lainnya, untuk menjadi seorang pembunuh. Namanya Azumi, pembunuh utama.

Pembunuh muda Azumi dan Nagara melanjutkan misi mereka untuk mencegah perang saudara. Dalam perburuan mereka untuk Masayuki Sanada, yang dilindungi oleh tentara dan klan berbahaya, mereka bertemu Ginkaku, seseorang yang menunjukkan kemiripan dengan mantan teman Nachi.

Seorang analis komputer menjadi target setelah menemukan konspirasi dalam sebuah disket misterius, dan ia terpaksa melarikan diri demi membersihkan namanya.