Andy berangkat ke Cowboy Camp, meninggalkan mainannya sendiri. Keadaan menjadi semakin rumit ketika seorang kolektor mainan yang obsesif bernama Al McWhiggen, pemilik Al's Toy Barn menculik Woody. Mainan-mainan Andy melakukan misi penyelamatan yang berani, Buzz Lightyear bertemu dengan lawannya dan Woody harus memutuskan di mana ia dan hatinya benar-benar berada.

Waktu terus berubah bagi Manny si mamut yang pemarah, Sid si kungkang yang suka bicara kasar, dan Diego si harimau bertaring tajam yang cerdik. Kehidupan memanas bagi para pahlawan kita saat mereka bertemu dengan tetangga baru yang tidak terlalu ramah – dinosaurus perkasa.

Dalam sekuel penuh laga ini, Frank Martin si "Transporter" terlibat dalam kasus penculikan putra seorang politikus yang mempekerjakannya sebagai sopir.