アリス・キングスレー、１９歳。美しく成長した彼女は、ある日、求婚者から逃げ出し、誤ってうさぎ穴に落ちてしまう。その地下世界は、かつて少女アリスが迷い込んだワンダーランド。だが、ワンダーランドでの記憶を失っている彼女には、この世界の奇妙な生き物たちがなぜ自分を知ってて、その期間を喜ぶのか理解できなかった。だが、彼女との再会を帽子屋（マッドハッター）ほど待ち望んでいた者はいなかった。赤の女王の独裁下で、狂気を装い生き延びてきた帽子屋の唯一の希望・・・それは、いつの日か、救世主アリスが再び現れることだったのだ。自分の手にワンダーランドの運命が握られていることを、アリスをまだ知らなかった・・・。

母とともに田舎町へ引っ越してきた少年ザックは、隣家の美少女ハンナと親しくなった。だがハンナの父はそんなザックを彼女から遠ざけようと邪険にする。ある日、女性の悲鳴を耳にしたザックは、ハンナの身を案じて隣家へ忍び込む。彼はそこで、なぜか鍵を掛けられたホラー作家R・L・スタインの著書群を見つけ、思わず鍵を開けてしまう。実はハンナの父こそがスタインであり、その鍵は本に記された怪物たちを封印していたのだ。