Egypte, 13e eeuw. De zoon van de kalief van Bagdad wordt gedwongen de dood te wreken van zijn trouwe vriend Hoessein, vermoord door een stam bedoeïenen. De zoon van de kalief voegt zich bij prinses Taura en bevrijdt samen met haar de stad.

Door een reeks ongelukkige gebeurtenissen belanden drie mummies in het huidige Londen en beginnen aan een maffe en hilarische reis op zoek naar een oude ring van de koninklijke familie, gestolen door de ambitieuze archeoloog Lord Carnaby.

Mr. Peabody is een genie, uitvinder, wetenschapper en een hond. Met zijn geadopteerde mensenzoon Sherman maken zij reizen door de tijd. Sherman houdt zich echter niet aan de tijdreisregels en ze moeten alles op alles zetten om de fout te herstellen.

Mozes werd als kind te vondeling gelegd door zijn wanhopige moeder en werd gevonden door de dochter van de Farao. Hij groeide op bij de Egyptische koninklijke familie samen met toekomstige Farao Ramses II.

Set, de genadeloze God van de duisternis, heeft de troon van Egypte overgenomen en heeft het eens vreedzame en welvarende rijk veranderd in een grote chaos. Weinigen durven het op te nemen tegen hem.