Marnie, Dylan og Sophie Piper har deres første ud af mange eventyr! På Halloween, mens Marnie skændes med sin mor Gwen, kommer børnenes bedstemor Aggie på besøg. Aggie ønsker at starte Marnies heksetræning inden hendes 13-års fødselsdag, ellers vil Marnie miste sine kræfter for altid. Men der er en anden grund til Aggies besøg. Noget mørkt og ondt vokser i Halloweentown, og Aggie vil have hjælp til at besejre det. Mens Aggie & Gwen skændes, bruger Aggie magi, som Marnie observerer. Efter Aggie tager af sted for at vende tilbage til Halloweentown, følger Marnie, Dylan og, ukendt for Marnie og Dylan, efter hende på returbussen. Kort efter følger Gwen børnene til Halloweentown. Mens de er der, bliver Aggie & Gwen angrebet af den mørke kraft i en biograf. Marnie, Dylan og Sophie ræser om at få ingredienserne til at aktivere Merlins tryllestav for at stoppe ondskaben.

En ung mand, og hans extremt deformerede siamesiske tvillingebror som bor i en kurv, søger de læger som adskilte dem mod deres vilje, for at få hævn.