第二次大戦末期、ドイツから極秘裏に運ばれた一つの秘密兵器があった。それは人造人間“フランケンシュタインの不死の心臓”である。日本軍はこの心臓をもとに、人間兵器を造ろうとしたのだ。だがそれは、広島の原爆によって研究途上で失われてしまう。そして十数年後、その心臓から再生した少年が登場したのだった……。

夫を悲惨な事故で失ったシングルマザーのアメリアは、一人息子のサミュエルと共に暮らしていた。サミュエルは学校でしばしば暴力的な行動を起こす問題児。言うことを聞かない息子に手を焼き、アメリアは疲れ果てていた。一方、サミュエルは、母親の読み聞かせで眠りにつくのが習慣で、その日はアメリアの知らない一冊の本を取り出し、彼女に読んで欲しいとせがむ。どこか薄気味の悪いその絵本は「ババドック」というキャラクターが登場する不思議な本だった。

ひとつの細胞から生まれた兄弟怪獣、海の怪獣・ガイラと山の怪獣・サンダ。それぞれ善と悪の属性を持ち、性格の異なる2匹はやがて都市で死闘を演じることに。

臓器愛好家の若き天才科学者・フランケンシュタイン男爵。彼は優れた人間のパーツを集めて完璧な人造人間を作り、彼らを性交させて新人類を生み出すことを夢見ている。血塗られた研究と実験の結果、男爵はついに、人造人間を誕生させることに成功する…。