さくらたち友枝小学校6年2組は、なでしこ祭でお芝居をすることになり、夏休みを使って稽古に励んでいた。そんなある日、さくらは町中で、香港に帰ったはずの李小狼と偶然再会する。小狼の告白に対し、まだちゃんと返事をしていなかったさくらは、今度こそ気持ちを伝えようと決意。親友の知世が誘ってくれた遊園地で告白しようと計画するが、そこでさくらは、すべて封印されたはずのクロウカードの気配を感じ取る。

第2次世界大戦下のロンドン。児童養護施設に暮らす少年ピーターは、しばしば子どもたちが姿を消すことを不審に思っていた。ある日、彼は空飛ぶ海賊船が子どもをさらっていた事実を知るが、自身も連れ去られてしまう。たどり着いたのは不思議な世界ネバーランド。そして海賊の長、黒ひげはその世界を支配しようとたくらむ悪党だった。やがて、謎の青年フックとともに脱走したピーターは、先住民の集落へと逃れる。