En Rudger, un amic inventat, se separa de la seva millor amiga Amanda i ha d'unir-se amb Imaginaris perduts per tornar amb ella abans que s'esvaeixi.
En Conan, els seus amics i la Ran es troben resolent un cas a Londres (Anglaterra) al segle XIX, és a dir, als temps de Sherlock Holmes, i en el marc de la reaparició d'un assassí en sèrie britànic: Jack l'esbudellador. Això és possible perquè en realitat la trama del llargmetratge es desenvolupa dins del millor joc de realitat virtual que es coneix al món (anomenat Cocoon), en el qual juguen 50 nens i nenes i han de triar entre 5 escenaris possibles. El misteri espera a en Conan i als altres, els que volen escapar-se del joc resolent els desafiaments que se'ls presenten, ja que si no ho aconsegueixen, el joc podria donar-se per acabat amb ells quedant-se allà per sempre. Han d'atrapar a l'assassí en sèrie sense ser vistos per la policia.
Un subinspector és atacat en presència de la lliga de detectius júnior, inclòs en Conan. Això serà només el principi d'una sèrie d'homicidis terribles contra agents de policia. Pot tractar-se d'una colla de terroristes despietats com els extremistes radicals?
En Tib, un gat negre, guia la Mary fins a una estranya flor enmig del bosc. Poc després, la Mary troba una petita escombra, i se sorprèn en veure que és màgica. Abans que pugui gairebé adonar-se'n, l'escombra la fa volar per damunt dels arbres i dels núvols, i va a parar a la universitat d'Endor, una universitat de bruixes especialitzada en el control de la màgia. Després d'una visita guiada per la universitat, descobreix que hi fan tota mena d'experiments i acaba optant per escapar-ne i no tornar-hi mai més. Però això no acabarà així, ja que les bruixes volen recuperar la flor...
Segona part de la trilogia que adapta el còmic manga de culte de Naoki Urasawa. L'any 2015 tot és molt diferent de com era en el segle XX. La secta l'Amic ha anat apoderant-se poc a poc de la societat japonesa i han aconseguit que Kenji sigui considerat el culpable dels terribles fets que van ocórrer durant el cap d'any de l'any 2000. Kanna, la neboda d'en Kenji, és una noia brillant i no perd l'esperança de demostrar algun dia la innocència del seu oncle.