西暦2054年、ワシントンDC。政府は度重なる凶悪犯罪を防ぐ策として、ある画期的な方法を採用し、大きな成果をあげていた。それは、“プリコグ”と呼ばれる3人の予知能力者によって未来に起こる犯罪を事前に察知し、事件が実際に起きる前に犯人となる人物を捕まえてしまうというもの。ジョン・アンダートンはその犯罪予防局のチーフとして活躍していた。しかし、ある日、ジョンは自分が36時間以内に見ず知らずの他人を殺害すると予知されたことを知る。一転して追われる立場になったジョンは、自らの容疑を晴らそうと奔走する。

かつて、“ウォッチメン”と呼ばれる者たちがいた。彼らは＜監視者＞となって世界の重大事件に関わり、人々を見守り続けてきた。だが1977年、政府の施行したキーン条例によりその活動を禁止され、ある者は一線を退き、ある者は密かに活動を続けていくことに。1985年、未だニクソン大統領が権力を振るい、ソ連との核戦争に陥りかねない緊張状態にあるアメリカ。10月、ニューヨークの高層マンションからエドワード・ブレイクという名の男が突き落とされ、無惨に殺された。そして、そのそばには血の付いたスマイルバッジが。スマイルバッジは、かつてブレイクがスーパーヒーロー“コメディアン”として活躍していたときのトレードマークだった。現場に現われた“顔のない男”ロールシャッハは、事件の背後に陰謀の臭いを嗅ぎとり、すぐさま“ウォッチメン”と呼ばれたかつての仲間たちの周辺を独自に調べ始めるのだったが…。

23世紀。クリンゴン人のある資源衛星が事故により爆発し、同衛星では大気汚染が進み、あと何十年かで同惑星が壊滅する事実が判明する。惑星連邦は講和を申し入れてきたクリンゴン帝国の宰相ゴルコンに対し、カーク船長率いる宇宙船USSエンタープライズの護衛をつけるが、カークの部下スポックが講和を望む一方、かつて自分の息子をあるクリンゴン人に殺された過去があるカークは、講和という事態を受け入れるのに躊躇していた。

Xファイル課の閉鎖後、現場任務にまわされたFBI捜査官のモルダーとスカリーは、ビル爆破事件の責任を問われ、左遷の危機にさらされる。スカリーが辞職の決意を固めたと知って、やけ酒をあおるモルダー。そんな彼に、父の友人と名乗る医師が接近。爆破されたビルに、謎の死を遂げた少年と救助隊員の死体があったことを告げる。これをきっかけに事件の調査を始めたモルダーは、おそるべきエイリアン・ウィルスと、その背後にある秘密機関の正体に近づいていく。

人類初の有人火星探査となる宇宙船カプリコン1号が打ち上げられることになった。しかしその打ち上げ数分前、三人の乗組員のブルーベイカー、ウィリス、ウォーカーは管制スタッフや見物客などに見つからぬように船内から連れ出され、砂漠の真ん中にある無人の古い基地へと連れていかれる。ロケットが無人のまま打ち上げられているとき、三人には本計画の責任者であるケラウェイ博士から、事情の説明と新たな指令がくだされる。

一連の不気味な出来事がきっかけで、極悪非道な政府の陰謀に巻き込まれる意外な3人組(ボイエガ、フォックス、パリス)が繰り広げる荒唐無稽なミステリー。

宇宙観測所に務める科学者ゼインは、ある夜、正体不明の電波をキャッチする。地球外生命の証拠に間違いないとデータをNASAに提出するが、ボスであるゴーディはそれを黙殺し、ゼインも突然解雇されてしまう。納得のいかないゼインは自宅に観測所を作り、隣に住む黒人の少年キキと共に観測を続け、その電波がメキシコから発している事を突き止めた。到着した現地で謎の男に命を狙われながらも、ゼインは山奥に存在するオムニテック社の巨大プラントに行き当たる。

シカゴ大学の若きエンジニア、エディは、バークレー博士の率いる科学プロジェクト・チームのメンバーとして石油に代わる画期的な新エネルギー発生装置“ソノ・ルミニッセンス”を開発する。水からエネルギーを生む、クリーンで効率のいいこの無限のエネルギー源は、環境汚染に疲弊した世界にとって大きな福音であり、エネルギー革命だった。しかし実験成功の打ち上げパーティの後、同僚を送って研究所に戻った彼はそこで何者かに殺された博士の死体を発見、おまけに研究所は爆破されてしまう。残ったエディはFBIからその嫌疑をかけられ、追われる羽目となるが……。