L'any 2035, el condemnat James Cole es proposa de mala gana per ser enviat en el temps per descobrir l'origen d'un virus mortal que va acabar amb gairebé tota la població de la terra i va obligar els supervivents a entrar en comunitats subterrànies. Però quan Cole és enviat per error al 1990 en lloc del 1996, és arrestat i tancat en un hospital psiquiàtric. Allà coneix la psiquiatra Dra. Kathryn Railly i el pacient Jeffrey Goines, fill d'un famós expert en virus, que pot tenir la clau del misteriós grup canalla, l'Exèrcit dels 12 Micos, que es creu que és el responsable de desencadenar la malaltia assassina.

Diversos joves d'una petita localitat tenen habitualment malsons en què són perseguits per un home deformat pel foc i que utilitza un guant acabat en esmolades fulles. Alguns comencen a ser assassinats mentre dormen per aquest ésser, que resulta ser un assassí al qual els pares d'aquests joves van cremar viu fa uns quants anys després de descobrir que havia assassinat diversos nens.

Dos joves metges interns, Susan Wheeler i Mark Bellows, fan el seu període de pràctiques al Boston Memorial Hospital. Casualment, una jove amiga seva pateix una reacció inesperada a l'anestèsia que li provoca un coma. Aquesta situació fa que Susan descobreixi una macabra organització que funciona emparada per l'eficaç assistència hospitalària del centre.

La victòria de l'almirall Kirk sobre Khan i la creació del planeta Gènesi són triomfs inútils. Spock ha mort i McCoy, inexplicablement, s'ha tornat boig. Una visita de Sarek, el pare de Spock, revela quelcom esglaiador: McCoy està albergant en el seu cos l'essència vital de Spock. Kirk tracta d'ajudar als seus amics, segresta l'Enterprise i desafia la quarantena imposada per la Flota Estel·lar en Gènesi. Però els Klingon també descobreixen l'existència de Gènesi i van a la trobada de Kirk en una cita que podria ser mortal.