IMFエージェント、イーサン・ハントに課せられた究極のミッション—全人類を脅かす新兵器が悪の手に渡る前に見つけ出すこと。しかし、IMF所属前のイーサンの“逃れられない過去”を知る“ある男”が迫るなか、世界各地でイーサンたちは命を懸けた攻防を繰り広げる。やがて、今回のミッションはどんな犠牲を払っても絶対に達成させなければならないことを知る。その時、守るのは、ミッションか、それとも仲間か。イーサンに、史上最大の決断が迫る—

妻を病気で亡くしたティーは工事現場で働きながら一人息子のディッキーを一流私立小学校に通わせている。ディッキーの欲しがる運動靴を拾いに行ったゴミ捨て場で、ティーは緑色のボールを見つける。ティーが持ち帰ったボールから生まれた生物（かどうか不明な物体）をディッキーはミラクル7号と呼んで飼い始める。

かつてはマイナー・リーグで活躍した事もあるプール清掃人バターメーカーは、市議会からの要請で少年野球チーム“ベアーズ”のコーチを任せられる。だが問題児ばかり抱えた“ベアーズ”が強くなる事など絶対不可能だと知ったバターメーカーは、昔の恋人の娘で抜群の投球センスを持つアマンダと、オートバイを乗り回している不良少年ケリーをチームに加え、連勝街道に乗り出していく。

1962年のある晩、勘違いから危険を感じた発明家のカルヴィンは、身重の妻を抱えて地下シェルターへと避難した。やがて妻は可愛い男の子、アダムを出産。アダムはシェルターの中ですくすくと成長してゆく。そして35歳となったアダムは、必要に迫られ地上へ出る覚悟をするが・・・。

シカゴで起きた一件の交通事故で、元CIA特殊工作員のシェリダンはニューヨークで起きた殺人事件の犯人として緊急逮捕され、ニューヨークに護送されることになった。シェリダンは他の囚人とともに、連邦保安官上級代理ジェラードが同乗する護送機に乗せられる。だが離陸してまもなく、機体は急降下しオハイオ川に墜落し、事故に乗じてシェリダンは消える。こうしてジェラードと逃亡犯シェリダンとの追走劇が始まった。

2017年、第二次南北戦争下のアメリカ。多くの都市で戒厳令が発令され、アメリカの自国通貨であるアメリカドルよりもカナダドルの方が価値と信用度が高くなるまでに荒廃する中、戒厳令が発令されていない最後の自由都市「スティールハーバー」でクラブを経営するバーブ・ワイヤーは、賞金稼ぎという裏の顔を持っていた。ある日、政府に追われる元恋人アクセルがバーブへ助けを求めてくる。