「地球は根源的破滅に対し、自らの力で立ち向かう決意を人類に促した。 この地球には、怪獣がいて、人間がいる。そして、それだけではないのかもしれない･･･」 　全世界を揺るがした根源破滅天使・ゾクとの戦いが終わって月日は経ち、人々には平和な日々が戻っていた。だがその一方、いつしか地球の怪獣は活動を開始していた。藤宮の努力も空しく、結果的に怪獣はかつての様な標的となってしまう。Ｇ・Ｕ・Ａ・Ｒ・Ｄの攻撃を妨害したことで、追われる身となる藤宮。だが、そんな彼の前に、助けを求める謎の少女が現れた…。同じ頃、大学に戻っていた我夢は、ある日突然緊急指令を受け、チーム・マリーンと共に海底調査へと赴き、光の無い世界で驚くべき奇跡を目の当たりにする。人類が知り得なかった生物とのファースト・コンタクト…その感動も束の間、我夢たちは謎の怪獣群の襲撃を受け、絶体絶命の危機に陥ってしまった！この地球に何かが起ころうとしている。我夢と藤宮の眼前に広げられるのは破滅への兆しなのか、それとも…!?

幻夢コーポレーションにDr.パックマンを名乗る覆面を被った人物が率いる4人の白衣の一団が襲撃し、檀黎斗 / 仮面ライダーゲンムから、ガシャコンバグヴァイザーと4つのプロトガシャットを強奪する。 そしてその集団は警官隊を全滅させ逃走した。 眼魔との死闘を乗り越えて完全に生き返ることが出来た天空寺タケル / 仮面ライダーゴーストは平和な日々を過ごしていたが、突然街に正体不明のゲームウイルス（パックマンウイルス）が出現し、人々を襲う。タケルは月村アカリや山ノ内御成と共に「不可思議現象」の発生を受け、出動する。 そんな中、同じく仮野明日那 / ポッピーピポパポと共にパックマンウイルスの事件を探っていた宝生永夢 / 仮面ライダーエグゼイドとタケルは再会を果たすが、パックマンウイルスに感染した影響でタケルはゴーストドライバーを失う。また、高校生にして大人気ゲーム『ハテサテパズル』を開発した清宮東吾も、パックマンウイルスに感染する。

北海道･夕張。豊かな自然に囲まれたこの街こそ暗黒結社ゴルゴムが新たな計画のターゲットとして選び出した街だった。彼らはここに、ゴルゴム帝国都市を建設し世界支配の一大拠点を築こうと企んでいた。計画は世紀王シャドームーンのもと着々と進行していたが、都市計画の専門家･牧野博士が脱走。その牧野を救ったことから光太郎は、夕張の異変を察知する。ゴルゴムは都市建設のかたわらでかつて倒された怪人たちを次々と蘇らせていたのだ。光太郎の目の前に世紀王シャドームーンがゆっくりと姿を現す。シャドームーンはキングストーンフラッシュで亡霊世界を作り出し、十体の亡霊怪人を繰り出してＢＬＡＣＫを攻撃する！

現代の日本の海岸で巨大魔化魍・オロチが出現し、ヒビキと明日夢が駆けつけ戦うが、ヒビキはオロチに敗れ昏睡状態になる。明日夢はヒビキを救う手がかりを猛士の古文書のオロチの記述に求めるが、そこには自分と同じ「明日夢」という名と、鬼たちの物語が載っていた……。 古文書に書かれていたのは戦国時代のとある村。そこではオロチが毎年生贄を要求していた。その生贄に明日夢の知り合いであるひとえが選ばれ、明日夢はなんとかしようと立花藤兵衛に相談、鬼に救ってもらおうと言う案の元、明日夢たちは鬼探しに行く。

ゲルショッカー首領を倒して一見平和を取り戻した東京に、怪奇な事件が続いて起った。デストロンと名乗る悪の秘密集団が、怪人たちを使って東京を襲ったのだった。襲われた一画は全てが赤熱に溶け修羅場となった。デストロンの魔手は各地に広がっていった。仮面ライダー１号と、危機を聞いて南米から飛んで来た２号は、力を合わせてデストロンと闘った。兄弟をデストロンのために失った風見志郎は、デス卜ロンを倒すため自分を改造してくれと仮面ライダーに頼んだ。だが、仮面ライダーは、その頼みを断った。改造人間は．１号と２号て充分だと。デストロンは、死んだ筈のショッカー首領が新しくつくり出したものだった。志郎は１号、２号がおちいった最大の危機を救ったが、瀕死の重傷を負ってしまった。志郎を生きかえらす道はただ一つ、それは仮面ライダー３号に改造することだった。

日本政府は人間の力では対応できない問題をロボットに解決させるARKプロジェクトを進めていたが、その中心人物であるロボット工学の世界的権威・光明寺ノブヒコが実験中の事故で命を落としてしまう。プロジェクトは光明寺のライバルだった神崎と国防大臣・椿谷に引き継がれるが、椿谷は計画を完成させる鍵となるものを光明寺の子どもミツコとマサルが握っているとにらむ。椿谷の魔の手が迫るミツコたちだったが、その前に光明寺が開発した良心回路を内蔵したロボット、ジロー（キカイダー）が現れる。

ある夜、金色の魔法使いにコヨミが誘拐された。コヨミを追ってきた操真晴人の前で金色の魔法使いはコヨミの魔力と自分のクリエイトウィザードリングの魔力を利用し、虹色に輝く光の竜巻を発生させる。その竜巻に巻き込まれた晴人は何とかコヨミの手を掴んだものの、意識を失ってしまう。 そして夜が明け、目覚めた2人が目にしたのは、一見すると普段通りの風景であるものの、周りの人々はみな魔法を使って暮らしている光景であった。世界は虹色の竜巻によって魔法使いの国に変えられてしまっており、全ての住人は魔法使いとして、ホウキで空を飛んだり、使い魔をペットとして扱うことがごく当たり前の日常を送っていた。さらにお金の代わりに魔力で売買を行う魔力流通システムが、この世界における社会の根幹をなしていた。そんな不思議な世界で晴人とコヨミは協力者である奈良瞬平と大門凛子、さらには仁藤攻介と出会うが、この世界に元々いた住人となっていた彼らは2人のことも全く知らぬ素振りを見せており、輪島繁の面影堂も魔法の指輪を扱うショップに様変わりしていた。 その面影堂では、かつて虹色の竜巻で母親と離れ離れになったシイナという少年が働いていた。母親を捜して街をさまよっていたある夜、シイナは偶然にも「金色の魔法使い」が虹色の竜巻を使って人々を攫う姿を目撃し、金色の魔法使いの正体が国を治めるマヤ大王ではないかと推測する。シイナの言葉を信じる晴人は仁藤と共にマヤ大王のいるエメラルド城に潜入し、魔力流通システムの秘密とそれを利用したマヤ大王の恐るべき計画を知る。しかし秘密を知った晴人はマヤ大王によって、異世界からの侵略者として指名手配されてしまう。

冒険好きの少年明夫とトムは、不時着した無人宇宙船に乗り込み、太陽を挟んで地球と反対側にある第10惑星に連れ去られてしまう。彼らを迎えた第10惑星人は一見友好的に見えたが、やがて本性を現わし、地球侵略のため少年たちの脳を食べて情報を得ようとする。そこへ地球からガメラが飛来、明夫たちは危ないところを救われる。だが、第10惑星人が繰り出した大悪獣ギロンの猛攻で、さしものガメラも深手を負ってしまう。

物語は、大空を覆いつくさんばかりの超巨大浮遊要塞が突然飛来し、総攻撃を開始、世界の大都市が壊滅状態に陥るところからスタートする。仮面ライダーエグゼイド、宇宙戦隊キュウレンジャーが迎え撃つも、圧倒的な大きさと数を有する謎の敵にまったく歯が立たない。だが、その窮地を救うヒーローたちが現れる。死んだはずの九条貴利矢と、見たこともないヒーローの勇姿…。敵はどこから、一体何のために来たのか？命を落としたはずの者たちが、なぜ現れたのか？そして、勝利の行方は…？この途方もない強敵に打ち勝つ鍵は、ヒーローたちが新たな力を手にすること。異空間でレベルアップを繰り返し、「最強」を超えた「最強」のヒーローが誕生する時、想像を絶する奇跡が起きる！！