'Wonder' vertelt het verhaal over een 10-jarig jongetje, August Pullman genaamd, met een zeldzame, aangeboren aangezichtsafwijking. Doordat August vele operaties heeft doorstaan, krijgt hij thuisonderwijs van zijn moeder.
Nadat Bobby de begrafenis van een jeugdvriend heeft bijgewoond bezoekt hij het huis waar hij als kind gewoond heeft. Hij wordt overspoeld met herinneringen aan deze tijd, waarin hij en zijn alleenstaande moeder een mysterieuze nieuwe huurder kregen, met wie hij bevriend raakte.
Hij heeft een eigen achtbaan in zijn tuin, z'n eigen McDonalds en zijn ochtendgymnastiek doet hij samen met Claudia Schiffer: Richie Rich. Een leventje waar je alleen maar van kunt dromen. Maar daar komt verandering in door een stel gangsters die het voorzien hebben op het familiefortuin...
Nu George zoveel tijd doorbrengt met zijn nieuwe vriend Will, voelt Stuart zich eenzaam. Wanneer hij in zijn rode sportautootje naar huis rijdt, wordt hij opgeschrikt door een uit de lucht vallende vogel. Haar naam is Margalo, ze is gewond aan haar vleugel en ze wordt achtervolgd door een grote valk. Stuart neemt haar mee naar huis. Wanneer Margalo spoorloos verdwijnt, ontdekt Stuart dat ze door de Valk wordt bedreigd en dat hij haar gemene dingen laat doen. Met de hulp van de kat Snowbell, probeert hij Margalo te redden.
Tiener Ben Fiedler staat op het punt zijn bar mitswa te vieren en daarmee toe te treden tot de wereld der volwassenen. Ben is er alleen nog niet helemaal klaar voor om volwassen te worden. Hij wil eerst meer van de betekenis afweten. Het probleem is alleen dat Adam, de gekke vader van Ben, op het punt staat een extravagant feest te organiseren. Ben verzint een plannetje om tijd te rekken voor het aankomende feest. Tot grote ergernis van de familie nodigt hij zijn excentrieke opa uit, die de boel wel even op stelten zal zetten. Kan Ben hiermee tijd rekken en er achter komen wat het betekent om een man te zijn?
Terwijl zijn vrouw een meidenweek weg is, wordt special forces-agent en thuisblijfvader Fat Rick gedwongen om in actie te komen nadat inbrekers de gekoesterde vaas van zijn vrouw hebben meegenomen. Maar als het misgaat, moeten hij en zijn kinderen samenwerken voor het avontuur van hun leven...