De film begint in het 2003-universum. Een gevecht tussen de Paarse Draak-straatbende en de Turtles wordt vastgelegd op film, maar wanneer deze later op tv wordt uitgezonden beweren alle vier de turtles (die uit het 2003-universum) niks af te weten van deze vechtpartij. Ze breken in bij het hoofdkwartier van de Paarse Draken om deze “dubbelgangerturtles” te vinden, maar ontdekken dat de dubbelgangers wel degelijk echte Turtles zijn.

Nadat de 39e en 40e Astroswitches zijn ontwikkeld, houden Amanogawa en Subaruboshi High Schools een testoverdracht van enkele AGHS-studenten naar SBHS, wat problemen veroorzaakt wanneer de Aries Zodiarts zichzelf bekend maakt aan de AGHS-studenten. Kamen Rider Fourze: Climax Episode is de director's cut-versie van de gecombineerde afleveringen 31 en 32 van de Kamen Rider Fourze tv-serie.

Een groep studenten van de Cosmo Academie staat op het punt om voor hun laatste examen op te gaan: vijftig dagen overleven op een oud vervallen ruimteschip. Na aankomst merken zij dat er één persoon te veel onder hen is, in plaats van tien studenten zijn zij nu met elf personen. Wie is de oplichter, wie hoort er niet bij hen en waarom is hij of zij daar?

De eerste bemande expeditie naar Mars wordt bezocht door een vijandige buitenaardse levensvorm. Tegen de tijd dat een reddingsteam aankomt, is er slechts één overlevende: de leider, kolonel Edward Carruthers. Niemand weet dat hij echter niet het enige nog levende wezen is dat onderweg terug is naar de aarde.

Een vertegenwoordiger van een buitenaards ras dat een drastische evolutie heeft doorgemaakt om haar eigen klimaatveranderingen te overleven, Klaatu (Keanu Reeves) komt naar de aarde om de mensen in te lichten, hoe slecht hun planeet er aan toe is. Klaatu, die reeds een negatieve indruk van het menselijk ras heeft, wordt opgesloten door de Verenigde Naties. Daarop besluit hij dat de mensheid moet worden uitgeroeid om de aarde te redden. Dr. Helen Benson (Jennifer Connelly) en haar stiefzoon Jacob (Jaden Smith) proberen Klaatu ervan te overtuigen dat het menselijk ras wel degelijk bestaansrecht heeft.

Overlevenden van een kernoorlog zoeken een onderkomen in een mysterieus wetenschappelijk complex. Eén groep belandt in een laboratorium, waar nog onderzoekresultaten uit het verleden in leven blijken te zijn.

Een ruimteschip van de politie wordt er op uit gestuurd om de blauwe ster, een mysterieus kristal terug te vinden. De vrouwelijke androïde en een bemanningslid worden verliefd op elkaar en de kapitein baart een Alien die denkt dat de kapitein zijn moeder is.

Een groep astronauten onderzoekt de dertiende maan van Jupiter en vindt niets anders dan de zogenaamd mythische beschaving van Atlantis, die uitsluitend bestaat uit vrouwen die dansen op de muziek van de aardse Borodin.