地球を周回していたTV衛星が突如爆発した事件は、放射能によって突然変異した宇宙細胞の仕業だった。北九州地方に宇宙細胞が襲来、自衛隊必死の攻撃の前に細胞は消滅するが...。

科学者エリザベスが、地球上の時代も場所も異なる複数の古代遺跡から共通のサインを発見した。それを知的生命体からのと分析した彼女は、巨大企業ウェイランド社が出資した宇宙船プロメテウス号で地球を旅立つ。2年以上の航海を経て未知の惑星にたどり着いたエリザベスは、冷徹な女性監督官ヴィッカーズ、精巧なアンドロイドのデヴィッドらとともに砂漠の大地にそびえ立つ遺跡のような建造物の調査を開始する。やがて遺跡の奥に足を踏み入れたエリザベスは、地球上の科学の常識では計り知れない驚愕の真実を目の当たりにするのだった……。

ロンドンの夜。モーゼス（ジョン・ボヤーガ）率いるティーンのギャング・グループが、街で女性から金を奪おうとしていたその時、空から小型の隕石らしきものが落ちてきてそばにあった車を直撃した。車の中を覗き込もうとした仲間の１人が、隕石の中から飛び出してきた怪物に襲われたため、彼らはエイリアンの後を追って退治、死骸を持って低所得者用団地へと逃げ込んだ。そこでマリファナ栽培と取引を仕切っているロン（ニック・フロスト）という男にエイリアンの事を告げると、最初は半信半疑であったが、降り注ぐ隕石にただならないものを感じてエイリアン狩りへ乗り出そうとする。さらに、彼らの一団にもう１人、先ほどの路上強盗の被害者であったはずのサム（ジョディ・ウィテカー）も、エイリアンとの戦いに参加すると言い出した。こうして、宇宙から来た怪物から自分らの縄張りを守るべく、街のならず者達による戦いの火蓋が切って落とされるのだった。

人類は月面ナチスとの戦いに勝利するも、核戦争で自滅し、地球は荒廃してしまった。それから30年後、人々はナチスが月面に作っていた基地で生き延びていたが、エネルギーが枯渇し絶滅の危機を迎えていた。主人公オビは荒廃した地球の深部に新たなエネルギー源があることを知り、人類を救うため、誰も足を踏み入れたことのない＜ロスト・ワールド＞へと旅立つ。しかし、そこはナチス＜第三帝国＞の総統ヒトラーが率いる秘密結社ヴリル協会が君臨する世界だった。ヤツらは人類絶滅を企て、恐竜とともに地底から攻めてくるッ！！