仕事を求めて町に流れ着いたネイダは、ホームレスのためのキャンプで寝泊りするようになる。ある日、教会でサングラスを発見したが、それを通して見えたものは、人間になりすまし町を支配している奇怪な侵略者の姿と、至るところに隠され人間を操っていた洗脳標識だった。その恐るべき真実を知ったネイダは侵略者と戦うことになる。

J・J・エイブラムスが、モキュメンタリーの手法で描く、巨大都市ニューヨークを舞台に“未知の何者か”が大規模な破壊を繰り広げるSFパニック・アクション超大作。とあるニューヨークの夜、日本への転属が決まり、赴任することになったロブ(マイケル・スタール＝デヴィッド)のために、大勢の仲間たちがサプライズ・パーティーを開く。そのパーティーの最中、突然、とてつもない爆音が聞こえ彼らが屋上へ行くと、まるで爆撃を受けたかのようにニューヨークの街がパニックに陥っていた。

惑星LV-426のエイリアン殲滅後、生き残った者達は冷凍睡眠につき、宇宙船スラコ号で地球に向かっていたが謎の事故を起こす。スラコ号から切り離された脱出艇はフィオリーナ161（通称フューリー）で回収されたが、ヒックスやニュートは着陸の際に死亡、ビショップも機能を停止していた。この漂着先は流刑の星で凶悪な囚人達が戒律の元で自活的な生活をおくり、放射性廃棄物を収める鉛のコンテナを作る作業をしていた。唯一の女性であるリプリーの出現で惑星の秩序は一時乱れるが囚人頭であるディロンが事態を収拾する。そんな時、脱出艇に潜んでいたエイリアンが活動を始める。

ダニーは兄のウォルターにかまってほしいためにボールを投げてふざけていると手もとが狂いボールがウォルターの顔に当たってしまう。怒ったウォルターはダニーを地下室に閉じ込めてしまうが、ダニーはそこで「ザスーラ」というボード・ゲームを見つける。

前作の舞台、フューリー宇宙刑務所においてリプリーは、エイリアン・クイーンを体内に宿したまま溶鉱炉に身を投じ、永きに渡るエイリアンとの戦いに幕を下ろした。しかしそれから200年後、リプリーは軍の実験宇宙船「オーリガ」で、フューリーに残されていた血液から科学者らの手によりクローンとして再生される。その目的は、リプリーの体内に残されたエイリアン・クイーンの摘出であり、エイリアンを繁殖させて軍事兵器として利用することであった。

ロシアから解体処理を行う核弾頭9基が国外に運び出された。その調査にあたるホワイトハウス核兵器密輸対策チームのケリー博士はロシア事情に詳しいデヴォー大佐とコンビを組み、核の足取りを追跡。トルコの鉱山地帯で移送トラックを空から追い詰め8基の核弾頭を回収する。しかし残る1基は犯人一味のボスニア人が別の場所に運び去ったあとだった。ケリーとデヴォーはそれがニューヨークであることをつきとめるのだった。