Godzilla maakt Japan weer eens onveilig, maar deze keer denkt een aantal wetenschappers er echt iets op gevonden te hebben. Op basis van het skelet van de Godzilla die ze in 1954 verslagen hebben, bouwen ze een cyborg-Godzilla, die minstens even sterk zou moeten zijn als het echte monster.
Ter gelegenheid van zijn vijftigste verjaardag trekt de legendarische Godzilla de wereld rond, op zoek naar zijn oude vijanden. Helaas moet Godzilla ook afrekenen met een nieuwe, onbekende vijand, het gevaarlijke Monster X.
Nadat een meteoriet een driekoppig beest op Tokio heeft losgelaten, probeert Mothra zich te verenigen met Godzilla en Rodan om de buitenaardse dreiging te bestrijden.
Aliens slagen erin met behulp van een gekke professor de robot Mechagodzilla te repareren. Samen met het monster Titanosaurus moet Mechagodzilla de echte Godzilla zien te verslaan.
De jaren '30. Een groep filmmakers reist af naar een legendarisch eiland om een film op te nemen. Eenmaal aangekomen blijken alle geheimzinnige verhalen over het eiland op waarheid te berusten. Het eiland wordt bevolkt door mysterieuze inboorlingen en vele gigantische beesten. Hoofdrolspeelster Ann Darrow wordt de gevangene van één van deze beesten: de 8 meter grote gorilla Kong.
Astronauten Glenn en Fuji onderzoeken Planeet X en ontmoeten mysterieuze buitenaardse wezens die bekend staan als de Xiliens, die de mensen op aarde vragen om hun wereld te redden van 'Monster Zero'. In ruil voor het lenen van Godzilla en Rodan bieden de Xiliens een geneesmiddel tegen kanker aan. Terwijl Glenn onderzoek doet, ontwikkelt hij een romance met juffrouw Namikawa en ontdekt hij de ware bedoelingen van de Xilien.
Als een dorpje overspoeld wordt door duizendpoten gaan de inwoners op de vlucht, maar in de grotten onder hun dorp ontdekken de vluchtelingen nog iets veel gruwelijkers: Rodan, een prehistorische, vliegende dinosaurus. Niet veel later verschijnt er nog een tweede Rodan en samen beginnen de twee monsters aan een vernielingstocht door Japan.
Aliens proberen de wereld te veroveren en zetten daarbij de gevaarlijke monsters Godzilla en King Ghidrah in. De aliens besturen de monsters vanuit hun hoofdkwartier, een replica van Godzilla dat ergens in een pretpark staat.
Een jaar nadat hij de melkweg heeft gered van de troepen van Belial, keert Ultimate Force Zero terug naar de Emerald Planet voor een reüniebezoek. Jean-Bot is de eerste die arriveert, maar wordt uiteindelijk gevangengenomen door een mysterieuze robotmacht, waardoor zijn vrienden net op tijd arriveren om te zien hoe hij wordt weggevoerd, voordat hij in een hinderlaag wordt gelokt door een legioen mechanische monsters...
Een jonge man ontdekt een apparaat dat zich op mysterieuze wijze aanpast aan zijn lichaam en hem in The Guyver, een cyborg-achtige superheld, verandert. Als er echter vreemde wezens beginnen op te duiken, ontdekt de Guyver een complot rond een professor die genetisch gemanipuleerde monsters maakt.
De catastrofe 'Skyfall' werd veroorzaakt door de ingestorte orbitale ruimte kolonie die op de aarde was neergestort. In de krater op de crashlocatie wonen nu Kaiju, geboren door genmutatie. Ray, een avatar, komt naar het gebied om de verspreide 'zaden' te verzamelen, niet wetende wat daar werkelijk aan de hand is. Hij ontmoet al snel Mil, een mysterieus meisje. Is ze een mens of een Kaiju?