心を閉ざした少女杏奈は、ぜんそくの療養を目的に親戚が生活している海沿いの村にやって来た。そんなある日、彼女の前に誰もいない屋敷の青い窓に閉じ込められた、きれいなブロンドの少女マーニーが姿を見せる。その出会い以来、杏奈の身の回りでは立て続けに奇妙な出来事が起きるようになるが、それは二人だけの秘密だった。

城岩学園3年B組の中学生たちは、修学旅行の名目で孤島へ。彼らの前に現われた担任教師キタノは、新世紀教育改革法、通称“バトル・ロワイアル（BR）法”により、殺し合いをさせると生徒たちに宣言。生還できるのは最後に生き残った1人だけだった。生徒たちはそれぞれ最低限の武器と食料を与えられ、3日間のサバイバルに追いやられる。男子生徒の七原と女子の中川は謎の転校生・川田と、なんとかこの窮地を脱する方法を探る。