突如、ワシントンに飛来した円盤。降り立った異星人クラトゥは地球人の未来を懸念し、人類に核兵器の放棄を要求する。そして要求が受け入れられない場合、地球上の全エネルギーを停止させると宣言した……。

Xファイル課の閉鎖後、現場任務にまわされたFBI捜査官のモルダーとスカリーは、ビル爆破事件の責任を問われ、左遷の危機にさらされる。スカリーが辞職の決意を固めたと知って、やけ酒をあおるモルダー。そんな彼に、父の友人と名乗る医師が接近。爆破されたビルに、謎の死を遂げた少年と救助隊員の死体があったことを告げる。これをきっかけに事件の調査を始めたモルダーは、おそるべきエイリアン・ウィルスと、その背後にある秘密機関の正体に近づいていく。