Kenshin Himura is een legendarische zwaardvechter. Hij is gestopt met het doden door middel van het zwaard. Hij probeert een vredig leven te leiden met Kaoru Kamiya die in het dorp een zwaardvechtersschool runt. Maar de zaken veranderen als het Akabeko restaurant, waar Kenshin Himura het liefst gaat eten, wordt verwoest. Kenshin Himura vindt daar een briefje waarop geschreven staat "Junchu".

Voordat hij beschermer werd, was Kenshin een angstaanjagende moordenaar die bekend stond als Battosai. Maar wanneer hij de vriendelijke Tomoe Yukishiro ontmoet, een mooie jonge vrouw die een enorme last in haar hart draagt, zal zijn leven voor altijd veranderen.

Kenshin Himura gaat de strijd aan met de kwaadaardige Makoto Shishio. Makoto Shishio werkte vroeger voor de Meiji-regering maar wil deze nu ten val brengen. Kenshin Himura pakt het zwaard dat hij zwoer nooit meer te trekken. Hiermee bepaalt hij het lot van het hele land.

1890. Ten tijde van het Meji-tijdperk in Japan hebben samoerai geen plek meer in de maatschappij omdat krijgers minder waardevol zijn geworden dan gewone boeren die aan ruilhandel doen.

Kyoto, 1865, het einde van het Edo-tijdperk. De jonge samoerai Kano Sozaburo wordt aangenomen als lid van de Shinsengumi, een boeddhistische zwaardvechterclan die de strikte waarden van het feodale Japan wil handhaven. De betoverend mooie, Kano blijkt een uitmuntend zwaardvechter, die de hoofden van de in een geïsoleerde mannengemeenschap levende samoerai op hol brengt.