横浜の街に、空想の中にしか存在しないはずの怪獣が現れ、街中を破壊し始めた!偶然出くわしたダイゴや街中の人々は動揺を隠せない。すると、これもまたテレビの世界にしか存在していないと思っていたウルトラマン(ウルトラマンメビウス)が現れる。ダイゴのアドバイスのおかげで怪獣を倒すことができたメビウス(ヒビノ ミライ)は、この世界に危機がせまっていることをダイゴに伝える。さらに、戦いには7人の勇者が必要だということを・・・。ミライと共に勇者を探し始めたダイゴだったが、見つける前に、メビウスがスーパーヒッポリト星人にブロンズ像に変えられてしまう。次々に襲い掛かる怪獣たちの脅威。希望を失いかけたダイゴだったが、自分に出来ることを貫こうという強い決意が、彼の眠っていた力を呼び覚ました!

西暦2059年。かつて巨大な異星人との星間戦争で滅亡の危機に瀕した地球人類は、種の存続を主眼に置き、新天地を求めて銀河の各方面へと旅立っていった。数えて25番目となる超長距離移民船団“マクロス・フロンティア”。そこでは、新・統合軍による戦闘艦と一体化した居住艦を中心に1000万人以上が暮らしていた。何ら地球上と変わらない環境が人工的に作り出された宇宙船は、銀河の中心付近を航行していた……。そんなある日、フロンティア船団にアイドル・シンガー、シェリル・ノーム（声：遠藤綾）がコンサートのために来艦する。シェリルは、銀河ネットワークのヒットチャートで常に上位にランクインする誇り高きトップ・アイドル。そんなシェリルに憧れる女子高校生のランカ・リー（中島愛）は、念願だった彼女のコンサートへ向かう。一方、美星学園高校パイロット養成コースに通う早乙女アルト（中村悠一）も、そのコンサート会場にいた。歌舞伎の名門の家系に生まれた彼だったが、空への憧れと父親との確執からパイロットを目指している。だが、変わらない日常、閉じ込められたガラス張りの移民船団の中での暮らしに、彼は閉塞感を覚えていた……。突如、重機甲生命体“バジュラ”の襲撃を受け船団が燃え上がる。少女たちを護るため、アルトは最新型可変戦闘機VF-25に乗り込んだ。炎を切り裂き飛び行く先には、宇宙を揺るがす伝説の“歌”と、少女たちにまつわる新たなる謎が待ち受けているのだった……。

潜在的な能力を持ちながら、その能力にも自らの使命にも気づかぬまま、何者かに命を狙われ続ける人生を送ってきた9人の若者たち。世界中に散らばり、幼い時からそれぞれの守護者とともに町を転々として暮らし成長していた。ある日、9人のうち、ナンバー1から3までが何者かに殺された。海辺の町にいたナンバー4は、その死を、自らの足に痛みとともに現れた焼印で感知する。ナンバー4は、暗殺者たちが察知する前に、今いる町にある彼が存在したという痕跡を全て消し、すぐに次の土地へと守護者とともに逃亡を開始した。

社会全体が混乱した近未来の米国では新政党“NFFA”のブラッケンが大統領となり、年にひと晩だけすべての犯罪が合法化される制度“パージ（浄化）”が国民のストレス発散になるので犯罪率も失業率も激減すると主張。そんな“パージ”の効果を測定する実験がNYのスタテン島で行なわれることになり、住民たちがおびえる中、Dが率いるギャングは敵対勢力との対決に向けて準備する。その一方、“NFFA”の陰謀が進行し……。

香港の格闘家ビリー・ローは、武道仲間のチンを訪ねて日本へ。だが、香港に帰国した直後、チンが何者かに殺されたという知らせを受け、ビリーは葬儀に出席するため再び訪日する。謎のヘリがチンのひつぎを持ち去ろうとした時、そのヘリに飛びついたビリーだが、振り落とされてしまい墜落死する。兄ビリーのように武道の修練に励んでいたその弟ボビーは兄の復讐を誓うが、チンの死の謎を追ううち、ある麻薬密造組織に接近していく。