それは人類の誰も気づかぬうちに始まった。最新を誇る遺伝子実験の失敗によってゴリラ、オオカミ、ワニなどが猛烈に巨大化、凶暴化してしまう。この巨獣たちは、破壊活動を続けながら北米大陸を横断し、高層ビルが林立する街で大乱闘を繰り広げる。人々が逃げ惑う中、軍隊が出動し銃やミサイルで攻撃するが巨獣たちの暴走を抑えることはできなかった。

1,000年前に対話が一切できない異生物・奇居子によって太陽系が壊滅して以来、人類の一部は巨大な宇宙船シドニアで繁殖しつつ宇宙をさまよっていた。シドニアの地下で生活してきた少年の谷風長道は、衛人と呼ばれる大型兵器の訓練生となり、やがて歴史的名機・継衛の操縦士となる。あるとき、再び奇居子が出現し……。