Fa milions d'anys, els éssers còsmics coneguts com els Celestials van començar a experimentar genèticament amb els humans. La seva intenció era crear individus súper-poderosos que fessin únicament el bé, però alguna cosa va sortir malament i van aparèixer els Desviants, destruint i creant el caos al seu pas. Totes dues races s'han enfrontat en una eterna lluita de poder al llarg de la història. Enmig d'aquesta guerra, Ikaris i Sersi intentaran viure la història d'amor pròpia.

L'USS Enterprise, la nau insígnia de la Flota Estel·lar, liderada pel capità James T. Kirk, torna a solcar l'univers, per protegir la Terra i la resta de planetes aliats. Però la tranquil·litat durarà poc i el perill aguaita. La primera etapa de la seva missió els portarà a un territori desconegut, i la seva travessia aviat esdevindrà una carrera per la supervivència, quan s'enfrontin a un nou i ferotge enemic, Krall, d'una espècie alienígena avançada. Alhora que intenten trobar la manera de tornar a la Terra, el seu objectiu serà protegir el futur de la raça humana i preservar l'harmonia entre espècies...