2 oktober 1988, een gewone dag in het leven van de verwarde 16-jarige Donnie Darko. Dan valt er vanuit het niets een vliegtuigmotor door het dak van z'n huis, recht in Donnie's kamer.
Als Alex in 2004 een huis aan een meer koopt, vindt hij brieven in de brievenbus van de vorige eigenaresse, Kate Forster. Hij wil de brieven bij haar huidige adres afleveren, maar komt er dan achter dat het adres niet meer bestaat. Kate en Alex beginnen elkaar te schrijven en ontdekken tot hun grote schrik dat Alex in 2004 leeft en Kate in 2006. Ze proberen een manier te vinden om elkaar te ontmoeten, want de twee worden hopeloos verliefd op elkaar.
Henry (Eric Bana) is een tijdreiziger, regelmatig verdwijnt hij in zijn huidige leven en verschijnt vervolgens ergens in het verleden van de vrouw van zijn dromen Clare (Rachel McAdams). Deze vreemde eigenschap maakt de relatie tussen Clare en Henry zeer gecompliceerd.
Verfilming van Euripides' sage over Medea, de vrouw die zich na het bedrog van haar geliefde Jason wreekt door hun twee kinderen te doden.
Zeven afleveringen, elk op een andere dag van de week, met als thema zelfmoord en gewelddadige dood.