他人の夢に潜入してアイデアを盗み出す企業スパイのコブは国際指名手配犯であるが、それと同時に妻モルを殺した容疑もかけられていた。そんな彼に日本人男性サイトーからある依頼が。それはこれまでのように思考を盗み出すのではなく、標的にした人物の潜在意識に、あるアイデアを移植する“インセプション”という仕事だった。コブはサイトーを含むスペシャリスト6人を集め、標的の男性ロバートの夢に潜入しようとする。

2001年9月11日午前8時42分にニュージャージー州ニューアークからサンフランシスコに向けて飛び立ったユナイテッド93便。テロリストに占拠された直後、乗客たちは家族との電話から彼らが今置かれている状況を知る。自分たちもどこかのターゲットに向かっていることを･･･ 愛する者に最期のメッセージを残して彼らは行動を開始した――。