新たにスパイダーマンを継承した高校生のマイルズは、愛する人と世界を同時に救えないという事実にあらがって両方とも守り抜くと誓い、仲間と対立する。

宇宙世紀0079、一年戦争の末期、地球連邦軍とジオン公国軍の戦いで、ジオン軍の攻撃を受けたサイド4のムーアが壊滅した。生き残ったムーアの市民で構成された地球連邦軍所属のムーア同胞団が、故郷サンダーボルト宙域の奪還を決意する一方で、ジオン軍はそれに対抗してリビング・デッド師団を展開する。ムーア同胞団のエースパイロットのイオ・フレミングと、リビング・デッド師団のエーススナイパーであるダリル・ローレンツは宿命の戦いに挑む。

ニューヨーク。人気キャスターのエイプリルは、謎の犯罪組織の正体を探ろうとして逆に襲われてしまう。彼女の危機を救ったのは、人間大のカメ4兄弟、ラファエロ、レオナルド、ミケランジェロ、ドナテロ。薬品ミュータンジェンの力で人間同等の知能と姿を持った彼らは、同じくミュータント化したネズミの師匠スプリンターから忍者として育てられていた。4兄弟“ミュータント・タートルズ”はエイプリルとともに組織に立ち向かう。

未来、現在、過去。時空を越えてあらゆるものが“そいつ"を狙っている! 　 日本のトップアニメーターたちにも多大な影響を与えた伝説のアニメーション 。 あらゆる時間、空間、次元を触んでいく悪の化身“ロック・ナー"。 そのロック・ナーをめぐる、〔グリマルディ〕、〔ハリー・キャニオン〕、〔デン〕、〔キャプテン・スターン〕、〔B-17〕、〔美人は危険〕、〔ターナ〕の7つの物語。

心霊学者のジェームズは、屋敷に出没する幽霊に悩まされているという女性から除霊を依頼され、幼い一人娘のキャットを連れてそこを訪れる。その屋敷では、３人の幽霊たちが嫌がらせをして人間を近づけまいとしていたのだ。だが、彼らの甥である少年幽霊キャスパーは、友達のいない寂しさからキャットに親近感を持ち、彼女の前に姿を現わす。初めは驚いたキャットだったが、心優しいキャスパーとすっかり仲良しになる。

シュレッダーが率いる犯罪組織を倒したが、住居である下水道を失ってしまったミュータント化したカメのチーム“タートルズ”と彼らの師匠のネズミであるスプリンターは、友人になったTVリポーター・エイプリルの家に間借りさせてもらう。そんなエイプリルが化学廃棄物の処理について疑念を抱いた大企業から、シュレッダーたちは廃棄物を盗み出す。やがて“タートルズ”は、新たに生まれた怪物たちなどシュレッダーの一味と戦う。

世界中で爆発的人気を誇るヤツらが帰ってきた。しかし、今度の敵は一筋縄ではいきそうにない。旧敵たちと古代のモンスターたちが、謎のリーダーの指揮の下で手を組んだのだ。果たしてタートルズはニューヨークを守ることができるのだろうか！？

ジェレミット、キャサリン、メイス、シンデルの親子は母星を離れ宇宙船で飛行中、エンドアという星に不時着。そのうえジェレミットとキャサリンは森でゴラックスという怪物に捕らえられてしまう。あとには幼い兄妹メイスとシンデルが残されるが、幸いエンドアの住人であるイウォークに救われ命拾い。心優しく聡明なイウォークたちは2人に食料や薬を与え、両親がゴラックスに捕らえられた事実まで探り出す。両親の危機を知り、何としても救いに行きたいメイスとシンデル。イウォークたちもその熱意に打たれ危険を承知で同行を決意する。

ニューヨーク。正義のカメたち、“タートルズ”の友人であるTVリポーターのエイプリルは、ある骨董品店で買った日本の笏（しゃく）の不思議な力で1603年の日本にタイムスリップし、そこで魔女と見なされて投獄されてしまう。直後、現代のニューヨークに現われた侍・謙信からそんな非常事態を知らされた“タートルズ”はエイプリルを救うべく、時空を越えて1603年の日本に飛んで彼女を捜すが、混乱に巻き込まれてしまう。