Sonatine speelt zich af in de wereld van Yakuza, de Japanse onderwereld. Hier heeft Murakawa de reputatie een van de hardste en gewelddadigste gangsters van Tokio te zijn. Hij wil gepast afscheid nemen met een laatste eervolle opdracht.

De koele, meedogenloze Todoroki, baas van de Sukiyakai gang, vertelt Hiura dat hij hem adopteert als zoon. Reiji wordt de tweede bevelhebber van Hiura's nieuwe sub-bende. Dat lijkt reden voor feest, maar de Dragon Skulls bedreigen het grondgebied van Todoroki.

Een beginnende huurmoordenaar, die financieel in de problemen zit, neemt met tegenzin de taak op zich om de geplande moordenaar van een Japanse tycoon te vinden.

Chiba ziet er knoestig uit en gedraagt ​​zich net zo dierlijk als altijd en schittert naast Matsukata als gewelddadige gangsters die zich een weg banen door gevecht na bloedig gevecht met rivaliserende yakuza in de straten van Okinawa.

Minami, een jonge Yakuza, heeft veel respect voor de oudere Ozaki, die ooit zijn leven redde. Hun baas echter, draagt Minami op Ozaki te vermoorden aangezien hij zijn verstand aan het verliezen is. Minami raakt verward van de situatie maar neemt Ozaki mee naar het Yakuza-gebied in Nagoya waar de moorden worden uitgevoerd. Onderweg ontstaan er echter onverwachte problemen.

In een stadsdeel van Los Angeles, genaamd 'Little Tokyo', zwaait de keiharde Yakuza baas, Funekei Yoshida de scepter. Hij is meedogenloos voor mensen zijn die niet naar hem willen luisteren. Zijn wil is wet. De undercover politiemannen Chris Kenner en Johnny Murata willen een einde maken aan Funekei's schrikbewind. Beide zijn gespecialiseerd in de oosterse vechtkunst, de Japanse taal en gewoontes. Toch blijft het een levensgevaarlijke klus die ze moeten klaren.

Ryuichi is een gangster die gedreven wordt door zijn verlangen naar macht en de herinneringen aan zijn ontnomen kinderjaren. Zijn jongere broer Toji is net teruggekeerd van zijn opleiding in Amerika. Samen zullen ze de ruwe levenslessen van het gangsterbestaan ondervinden. Ondertussen ziet detective Jojima zich steeds meer het Yakuza-wereldje ingetrokken worden doordat hij zich meer en meer in maffiapraktijken mengt om geld bij elkaar te sprokkelen voor een levensreddende operatie voor zijn dochter...